结论前置：

1. 加班费的计算基数并非固定为基本工资或全额工资，而是需根据劳动合同的具体约定、工资制度以及相关法律法规综合确定。
2. 劳动合同约定以最低工资计算加班费，在绝大多数情况下是不合法的，严重损害了劳动者的合法权益。

一、加班费计算基数的确定

加班费的计算基数是一个复杂而灵活的问题，它并非简单地固定为基本工资或全额工资。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作又不能安排补休，以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资标准的加班费。然而，法律并未明确界定“工资”是指基本工资还是全额工资。

在实际操作中，加班费的计算基数通常遵循以下原则：

1. 劳动合同优先原则：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资数额，那么加班费应以该约定的工资作为计算基数。这里的工资应理解为劳动者在正常工作时间内应得的全部报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。
   • 若劳动合同中的工资项目细分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应将各项工资的总和作为加班费的计算基数，而非仅以“基本工资”为准。

2. 实际工资原则：

   • 在劳动合同未明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以劳动者的实际工资作为加班费的计算基数。这里的实际工资同样包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等（但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）。

3. 最低工资标准保障原则：

   • 无论采用何种方式确定加班费的计算基数，该基数均不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者工资权益的最低保障。

二、劳动合同约定以最低工资计算加班费的合法性分析

劳动合同约定以最低工资计算加班费的做法，在绝大多数情况下是不合法的。这种做法严重损害了劳动者的合法权益，因为加班费是对劳动者延长工作时间的一种补偿，其计算基数应当真实反映劳动者的实际收入水平。以最低工资标准计算加班费，对于实际收入高于最低工资的劳动者来说，显然无法获得合理的加班补偿。

三、对劳动者的建议

1. 仔细阅读合同条款：

   • 在签订劳动合同时，务必仔细审查关于加班费计算的条款，确保自己的权益得到合理保障。如果发现合同中存在以最低工资标准计算加班费的条款，应及时与用人单位沟通协商，要求修改合同条款。

2. 积极沟通协商：

   • 若发现劳动合同中存在不合理的加班费计算条款，应及时与用人单位沟通协商，要求按照法律规定和实际收入水平来计算加班费。在协商过程中，可以引用相关法律法规作为依据，增强自己的说服力。

3. 寻求法律援助：

   • 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁、提起诉讼等法律手段来维护自己的合法权益。在此过程中，劳动者应准备好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己的加班事实和工资情况。

四、举例说明

假设某劳动者的月工资为5000元，其中基本工资为3000元，奖金和津贴等共计2000元。如果劳动合同中明确约定加班费以全额工资（即5000元）为计算基数，那么该劳动者在延长工作时间、休息日工作或法定休假日工作时，应按照相应的倍数（150%、200%或300%）计算加班费。如果劳动合同中约定加班费以最低工资标准（假设为2000元）为计算基数，则这种约定是不合法的，劳动者有权要求用人单位按照全额工资计算加班费。

综上所述，加班费的计算基数是一个复杂而灵活的问题，需根据具体情况进行综合分析和判断。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取相应措施维护自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。