结论前置：合同按照基本工资核算加班费并不总是合法的，其合法性取决于劳动合同的约定、实际工资情况以及是否符合法律规定的支付标准。
一、劳动合同有明确约定的情况
合法情形：
- 如果劳动合同中明确约定了加班费的计算基数为基本工资，并且该基本工资不低于当地最低工资标准，同时该约定不违反相关法律法规，那么按照基本工资核算加班费是合法的。但这种情况在实际操作中较为少见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
不合理但合法情形（需谨慎对待）：
- 即便劳动合同中有约定，但如果基本工资明显低于劳动者正常工作时间的实际工资水平，这种约定可能因显失公平而被视为不合理。虽然从形式上看可能合法，但实质上可能损害劳动者的合法权益。
二、劳动合同无明确约定或约定不明确的情况
应按实际工资计算：
- 当劳动合同没有明确约定加班费计算基数或约定不明确时，应以实际工资作为计算基数。实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的所有报酬，如工资、奖金、津贴、补贴等（需扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）。因此，仅按基本工资计算加班费会显著减少劳动者应得的加班费，损害其经济利益。
法律规定与支付标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班费的支付标准应按照劳动者正常工作时间工资的相应比例计算。具体来说：
- 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日加班且不能安排补休：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这里的“工资”应理解为劳动者正常劳动应得的全部工资，包括基本工资、绩效工资、津贴等。
三、实际操作中的建议
劳动者角度：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于加班费计算基数的约定，确保自己的合法权益得到充分保障。
- 如果发现用人单位按基本工资计算加班费不合理，应首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求按照法律规定或合理的方式重新确定加班费计算基数。
- 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
用人单位角度：
- 用人单位应严格遵守相关法律法规，确保加班费的支付符合法定标准。
- 在制定劳动合同或内部规章制度时，应明确加班费的计算基数和支付标准，避免产生不必要的劳动争议。
举例说明：假设某劳动者的月工资由基本工资3000元、绩效工资2000元和津贴500元组成，总计5500元。如果劳动合同中约定加班费计算基数为基本工资3000元，那么在实际操作中，这种约定可能因显失公平而被视为不合理。因为按照法律规定，加班费计算基数应包含劳动者正常劳动应得的全部工资，即5500元。因此，用人单位应按照5500元作为加班费计算基数来支付加班费。
总结：合同按照基本工资核算加班费并不总是合法的。为了确保劳动者的合法权益得到充分保障，用人单位应严格按照劳动法规定，以劳动者正常劳动应得的全部工资为基准，合理计算并支付加班费。如果劳动者对此有疑问或发现用人单位存在违法行为，可以直接向我咨询相关法律问题。