公司加班超过半小时不满一小时按半小时算加班费，这一做法是否违法需分情况讨论：

1. 标准工时制下：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应当支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。这一规定并未对加班时间设定最低限制，即无论加班时间长短，只要是用人单位安排的加班，原则上都应支付加班费。
   • 因此，在标准工时制下，公司加班超过半小时不满一小时，却按半小时计算加班费，这一做法可能违法。因为劳动者实际加班时间超过了半小时，公司应按照实际加班时间支付加班费，而非仅按半小时计算。若劳动合同、集体合同或规章制度中有明确约定加班半小时也算加班费，但约定支付标准低于法定标准的，该约定因违反法律强制性规定而无效，公司仍需按法定标准支付。

2. 不定时工作制和综合计算工时工作制下：

   • 对于不定时工作制，由于该制度下一般不存在加班的概念，因此通常没有加班费，除非用人单位与劳动者另有约定。
   • 对于综合计算工时工作制，以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。只有在综合计算周期结束后，总工作时间超过法定标准工作时间的部分，才按照规定支付加班费。因此，即使某一天或某一段时间内加班半小时，也不一定会有加班费，需根据整个周期内的总工作时间来判断。但若周期内总工作时间超标，则公司应依法支付加班费，且应按实际加班时间计算，而非仅按半小时计算。

加班费的计算方式：

• 平时加班：支付不低于工资的150%的工资报酬。计算方法为：\(平时加班工资=小时工资\\times1.5\\times加班小时数\)。
• 周末加班：如果不能安排补休，支付不低于工资的200%的工资报酬。计算方法为：\(周末加班工资=小时工资\\times2\\times加班小时数\)。
• 法定节假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。计算方法为：\(法定节假日加班工资=小时工资\\times3\\times加班小时数\)。

劳动者权益保护建议：

• 若公司存在未按规定支付加班费的情况，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在此过程中，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资单等，以便在必要时进行维权。

综上所述，公司加班超过半小时不满一小时按半小时算加班费的做法，在标准工时制下可能违法，而在不定时工作制和综合计算工时工作制下则需根据具体情况判断。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取合适的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。