在标准工时制下，加班工资的计算确实是以小时为单位进行的，并且根据加班发生的不同时间（工作日、休息日或法定节假日），支付标准也有所不同。以下是对这一问题的详细解答：

一、标准工时制概述

标准工时制是指法律规定的，在正常情况下普遍实行的工作时间制度。根据我国《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间通常不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时（实际操作中常按不超过40小时执行，具体依据当地法规或企业规定）。

二、加班工资支付标准

1. 工作日加班：

   • 如果员工在工作日延长了工作时间，企业应当按照不低于其小时工资基数的150%来支付加班工资。小时工资基数是通过本人月工资除以月计薪天数（21.75天）再除以8小时得出的。

2. 休息日加班：

   • 在休息日安排加班的情况下，企业应首先考虑安排补休。如果无法安排补休，则需按照不低于小时工资基数的200%支付加班工资。

3. 法定节假日加班：

   • 对于法定休假日安排加班的情形，企业必须按照不低于小时工资基数的300%支付加班工资，且不能用补休替代。

三、加班限制条件

虽然加班是允许的，但用人单位在安排加班时，需遵守以下限制条件：

• 一般每日延长工作时间不得超过一小时；
• 因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。

四、总结与建议

综上所述，在标准工时制下，按小时发放加班工资是符合法律规定的。但具体的计算标准可能会因地区差异、所在行业的特点以及企业特殊规定或劳动合同中的约定而有所不同。因此，在处理加班工资问题时，必须严格按照相关的法律规定和约定来执行，以确保员工的合法权益得到充分保障。

同时，用人单位应合理安排工作时间，避免过度加班，确保劳动者的休息权和健康权。劳动者也应了解自己的权益，对于违法加班和拖欠加班工资的行为，可以依法向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。