核心结论：员工申请离职先告知老板后告知店长这一行为本身并不直接违反法律规定，但可能涉及公司内部管理流程问题，需结合具体情况分析。以下从法律和实务角度展开说明：

1. 法律层面：离职通知义务的履行

根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同（试用期提前三日）。法律未规定通知对象的具体层级，只要员工向用人单位履行了通知义务（如直接上级、人事部门或法定代表人），即视为完成法定程序。因此：

• 若老板或店长中至少一方代表公司（如老板是法定代表人，店长是部门负责人），员工已履行通知义务，法律上无瑕疵；
• 若公司章程或劳动合同明确要求通知特定对象（如必须书面提交给人事部），员工未遵守可能构成轻微违约，但不影响离职效力，公司不得以此拒绝办理离职手续或克扣工资。

2. 实务层面：内部管理流程的潜在风险

公司通常通过内部流程（如审批链）管理离职，若员工未按流程操作可能引发以下问题：

• 信息传递断层：店长作为直接管理者可能未及时掌握员工离职动态，导致工作交接延误或团队管理混乱；
• 责任归属争议：若老板口头同意离职但未书面确认，店长可能以“未收到正式通知”为由拒绝配合办理手续（如开具离职证明、转移社保）；
• 公司纪律处分：部分企业将“越级汇报”列为违规行为，员工可能面临内部警告，但此处分需以公司合法规章制度为前提，且不得违反《劳动合同法》中关于劳动者权益的保护条款（如不得以未遵守流程为由克扣工资或拒绝出具离职证明）。

3. 建议处理方式

• 对员工：
  1. 优先查阅劳动合同或员工手册，确认公司对离职通知流程的明确要求；
  2. 若无明确规定，建议同步书面通知老板和店长（如邮件抄送双方），保留通知证据；
  3. 若已先告知老板，可主动向店长补充说明情况，避免信息差导致矛盾。
• 对公司：
  1. 完善离职管理制度，明确通知对象、形式和时限（如要求员工同时提交书面申请给直属上级和人事部）；
  2. 对管理者进行培训，避免因个人情绪（如店长因未被优先告知而消极配合）损害员工权益；
  3. 若员工未遵守流程但已履行法定通知义务，公司应依法办理离职手续，可通过内部考核机制（如扣减绩效分）而非拒绝离职来管理纪律。

总结：员工行为需以“是否履行法定通知义务”为核心判断标准，公司管理需平衡流程规范与劳动者权益。若双方因此产生争议，可进一步沟通具体细节（如公司规章制度内容、通知方式等），我会结合实际情况提供更精准的分析。