关于您提出的“请假扣款按照综合工资，加班按照底薪算是否合理”的问题，这确实是一个涉及员工权益与公司管理规定的复杂议题。以下是我为您详细分析的解答：
一、请假扣款与加班工资的计算原则
请假扣款：
- 请假扣款的计算方式并非固定，它可能依据公司的规章制度、劳动合同的约定以及当地法律法规来确定。
- 在多数情况下，公司可能会选择按照底薪来计算请假扣款，因为底薪是员工每月的固定收入，能反映员工的基本劳动价值，且计算简便。
- 然而，也有公司可能根据综合工资（包括底薪、奖金、津贴等）来计算请假扣款，特别是当请假对员工的整体收入产生较大影响时。
加班工资：
- 加班工资的计算通常依据员工的底薪或基本工资，并按照国家规定的加班工资倍数进行计算。
- 这是因为加班是员工在正常工作时间之外提供的额外劳动，其报酬应基于员工的基本劳动价值来确定。
二、合理性分析
请假扣款按综合工资算：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了请假扣款按综合工资计算，且这一规定不违反当地法律法规，那么这种做法在一定程度上是合理的。
- 但需要注意的是，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，以保障员工的基本生活需要。
加班按底薪算：
- 加班工资按底薪计算是符合国家法律法规的，因为加班是额外劳动，其报酬应基于员工的基本劳动价值。
- 如果公司试图以低于底薪的标准支付加班工资，或者将加班工资与综合工资中的其他部分（如奖金、津贴）挂钩，这可能违反法律法规，员工有权提出异议。
三、建议与措施
了解公司政策：
- 在请假或加班前，员工应仔细了解公司的相关规章制度和劳动合同中的相关条款，明确请假扣款和加班工资的计算方式。
沟通与协商：
- 如果员工对公司的扣款或加班工资计算方式有疑问或认为不合理，应及时与人力资源部门沟通，寻求解释和协商解决方案。
合法维权：
- 如果员工认为公司的做法违反了法律法规或劳动合同约定，可以向当地劳动行政管理部门投诉举报，或者通过劳动仲裁等合法途径维护自身权益。
综上所述，请假扣款按综合工资算、加班按底薪算是否合理，取决于公司的规章制度、劳动合同约定以及当地法律法规。员工应充分了解公司政策，并在必要时采取合法措施维护自身权益。希望这些分析能对您有所帮助。