请假扣工资是按底薪还是综合工资，并没有固定答案，需根据公司的规章制度、劳动合同约定以及当地法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的扣薪方式
按底薪计算：
- 在多数情况下，请假扣工资是依据底薪进行的。底薪作为员工每月的固定收入部分，能够准确反映员工的基本劳动价值。以底薪为基数计算扣薪，操作简便，便于企业管理与财务核算。例如，若员工底薪为3000元，月计薪天数为21.75天，日薪约为137.93元。若请假1天，则扣除137.93元。
按综合工资计算：
- 在某些特殊薪酬制度下，如销售岗位，企业可能按综合工资（包括底薪、提成、奖金等）计算请假扣款。特别是当请假影响业绩提成时，这种计算方式更为合理。但这种情况相对较少，且需在公司规章制度或劳动合同中有明确约定。
二、特殊情况与合同约定
公司规章制度：
- 若公司规章制度明确规定了请假扣工资的计算方式（按底薪或综合工资），且该规定不违反法律法规，则应按此规定执行。员工在入职时，应仔细阅读并了解公司的规章制度，以便在请假时明确扣薪方式。
劳动合同约定：
- 劳动合同中可能对请假扣工资有特别约定。此时，应遵循合同约定。若合同约定模糊或有争议，双方应协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。例如，若劳动合同中明确约定请假按底薪的80%扣款，则应按此约定执行。
三、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 工资分配遵循按劳分配原则，实行同工同酬。用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平，但需在遵守法律法规的前提下制定扣款规定。这意味着，公司不能随意制定扣薪方式，必须确保扣薪方式合法合理。
最低工资保障：
- 无论按底薪还是综合工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准。这是为了保障劳动者的基本生活需要。例如，若当地最低工资标准为2000元/月，则扣除请假工资后，员工当月工资不得低于2000元。
四、实践建议
了解政策：
- 员工在请假前应了解公司的请假扣工资政策，并在签订劳动合同时仔细审查相关条款。这有助于避免因不了解政策而产生的经济损失。
沟通询问：
- 对扣薪方式有疑问或认为不合理时，应与人力资源部门沟通，明确公司规定和计算方法。通过沟通，可以更好地理解公司的扣薪政策，并维护自己的合法权益。
合法维权：
- 若认为公司扣薪行为违法或违反劳动合同约定，可向当地劳动行政管理部门投诉举报，寻求合法解决方案。在维权过程中，应保留好相关证据，如请假条、工资条等，以便在需要时提供证明。
综上所述，请假扣工资的计算方式需综合考虑多方面因素。员工应充分了解公司政策，并在必要时采取合法措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。