员工请假扣工资的计算方式需根据具体情况确定，可能依据底薪，也可能依据总工资，具体应遵循公司规章制度、劳动合同约定以及法律法规。

一. 一般情况

1. 按底薪计算：在多数情形下，请假扣工资会依据底薪进行。底薪作为员工的基本固定收入，能够准确反映员工的基本劳动价值，且以底薪为基数计算扣薪操作简便，便于企业管理与财务核算。- 例如，某员工的月薪由底薪3000元和提成组成，若公司规定请假扣工资按底薪计算，那么员工请假一天时，将按照底薪3000元来扣除相应工资。

2. 按总工资计算：在某些特殊薪酬制度下，如销售岗位，企业可能会按照总工资（底薪+提成等）来计算请假扣款，特别是当请假可能影响到员工的业绩提成时。

二. 特殊情况与合同约定

1. 公司规章制度：若公司规章制度中明确规定了请假扣工资的计算方式，且该规定不违反法律法规，那么应当按照此规定执行。

2. 劳动合同约定：劳动合同中可能对请假扣工资有特别的约定。在存在约定的情况下，应当遵循合同约定来执行。- 例如，若劳动合同中明确约定请假扣工资按总工资计算，那么即使公司规章制度中另有规定，也应当以劳动合同约定为准。

三. 法律法规依据

• 根据《中华人民共和国劳动法》，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平，但制定扣款规定时必须在遵守法律法规的前提下进行。
• 无论按照底薪还是总工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需要。

四. 实践建议

• 员工在请假前应详细了解公司的请假扣工资政策，并在签订劳动合同时仔细审查相关条款。
• 对扣薪方式有疑问或认为不合理时，应及时与人力资源部门沟通，明确公司规定和计算方法。
• 若认为公司扣薪行为违法或违反劳动合同约定，可向当地劳动行政管理部门投诉举报，寻求合法解决方案。

综上所述，员工请假扣工资的计算方式并非固定不变，而是需根据公司的规章制度、劳动合同约定以及法律法规来综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。