结论前置：请假扣工资的计算方式并非固定按底薪或总工资，而是需根据请假类型、公司规章制度、劳动合同约定以及当地法律法规综合判断。在任何情况下，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，且扣薪方式应公平合理。
一、请假扣工资的基本原则
按底薪计算：
- 常见情况：在多数企业中，请假扣工资通常依据底薪（基本工资）进行。底薪作为员工每月的固定收入部分，能准确反映员工的基本劳动价值，且操作简便，便于企业管理与财务核算。
- 法律依据：根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，日工资的计算方式为月工资收入除以月计薪天数（21.75天）。这里的“月工资收入”通常指的是基本工资或底薪，而非包括奖金、津贴等在内的总工资。
按总工资计算：
- 特殊情况：某些特殊薪酬制度（如销售岗位）下，企业可能按总工资计算请假扣款，特别是当请假影响业绩提成时。此外，若劳动合同或公司规章制度明确约定按总工资扣款，且不违反法律法规，也应按此执行。
二、不同请假类型的扣款方式
事假：
- 扣款方式：事假期间，企业通常按照实际请假天数和日工资标准（通常是底薪除以月计薪天数）扣除相应工资。若劳动合同或公司规章制度约定按总工资扣款，且不违反法律法规，也可按总工资扣款。
- 注意事项：事假扣款应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
病假：
- 扣款方式：病假期间，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费。具体计算基数和比例可能因地区和企业规定而异，但通常不低于当地最低工资标准的80%，并以职工正常出勤情况下应得的全部工资收入为基础来计算。
- 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
法定节假日、年假、探亲假、婚丧假等带薪假：
- 扣款方式：在这些法定带薪假期内，用人单位应当按照正常出勤支付工资，不存在扣工资的情况。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
三、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 若公司规章制度明确规定请假扣工资的计算方式（按底薪或总工资），且不违反法律法规，则应按此规定执行。
- 建议：员工在入职前应仔细阅读公司规章制度，了解请假扣工资的具体规定。
劳动合同约定：
- 劳动合同中可能对请假扣工资有特别约定。此时，应遵循合同约定。
- 争议解决：若合同约定模糊或有争议，双方应协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、法律法规依据与最低工资保障
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》，工资分配应遵循按劳分配原则，用人单位有权自主确定工资分配方式和水平，但不能违反法律法规的强制性规定。
- 用人单位制定扣款规定时，应确保不违反《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。
最低工资保障：
- 无论按底薪还是总工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者基本生活需要。
- 计算公式：若月工资收入为W，月计薪天数为21.75天，日工资为W/21.75。请假n天，则扣款金额为(W/21.75)*n（按底薪计算时，W为底薪；按总工资计算时，W为总工资）。但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
五、实践建议
- 了解政策：员工在请假前应了解公司的请假扣工资政策，并在签订劳动合同时仔细审查相关条款。
- 沟通询问：对扣薪方式有疑问或认为不合理时，应与人力资源部门沟通，明确公司规定和计算方法。
- 合法维权：若认为公司扣薪行为违法或违反劳动合同约定，可向当地劳动行政管理部门投诉举报，或申请劳动仲裁寻求合法解决方案。
综上所述，请假扣工资的计算方式需综合考虑多方面因素，包括请假类型、公司规章制度、劳动合同约定及法律法规等。员工应充分了解公司政策，并在必要时采取合法措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。