结论：单位以基本工资为标准计算加班工资且事假工资全扣的做法，不一定完全合理，具体需结合劳动合同、单位规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、加班工资的计算标准
法律规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，加班工资的计算基数通常应为劳动者本人正常工作时间工资，即包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。若劳动合同或集体合同中有明确约定，且该约定不低于当地最低工资标准，则可按约定执行。
- 若单位仅以基本工资为标准计算加班工资，可能涉嫌违法，尤其是当基本工资低于劳动者实际正常工作时间工资时。
实际操作建议：
- 劳动者应首先查看劳动合同或单位规章制度中关于加班工资计算基数的约定。
- 若无明确约定或约定违法，劳动者可要求单位按照实际正常工作时间工资计算加班工资，并保留相关证据（如工资条、考勤记录等）以备维权。
二、事假工资的扣除
法律规定：
- 事假期间，单位通常有权不支付工资，但扣除方式需合理。根据《工资支付暂行规定》，劳动者因事假未提供劳动的，单位可按劳动合同约定的标准扣除工资。若劳动合同无约定，则应参照单位规章制度执行。
- 若单位规章制度或劳动合同中未明确事假工资扣除方式，或扣除比例过高（如全扣且未考虑劳动者实际出勤情况），则可能涉嫌违法。
实际操作建议：
- 劳动者应了解单位关于事假工资扣除的具体规定，并确认其是否合法合理。
- 若单位规定违法或不合理，劳动者可与单位协商调整，或向劳动监察部门投诉举报。
三、综合判断与维权建议
综合判断：
- 单位以基本工资为标准计算加班工资且事假工资全扣的做法，是否合理需结合劳动合同、单位规章制度以及相关法律法规综合判断。
- 若单位做法违法或不合理，劳动者有权要求单位改正，并可依法维权。
维权建议：
- 收集证据：保留工资条、考勤记录、劳动合同、单位规章制度等相关证据。
- 协商解决：首先尝试与单位协商解决争议，表达诉求并寻求合理解决方案。
- 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，要求单位改正违法行为。
- 申请仲裁或诉讼：若争议无法通过协商或投诉举报解决，劳动者可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
最后提醒：劳动法律法规复杂多变，具体案件需结合实际情况分析。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业法律建议。