结论：单位在工资中设置全勤一项，请假时既扣全勤又另外扣工资的行为是否合理，需分情况讨论。

1. 关于全勤奖的扣除：

   • 全勤奖通常是单位为了鼓励员工全勤而设立的一种奖励制度。如果员工请假，按照全勤奖的设立初衷，单位扣除全勤奖是合理的。因为全勤奖本身就是对全勤行为的一种奖励，员工未全勤，自然不应享受该奖励。

2. 关于工资的扣除：

   • 情况一：请假符合单位规章制度且工资扣除合法：

     • 如果员工的请假符合单位的规章制度，且单位在规章制度中明确规定了请假期间工资的扣除方式，且该扣除方式不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准等），那么单位在扣除全勤奖的同时，再按照规章制度扣除部分工资，可能是合理的。
     • 例如，单位规章制度规定，员工请假一天，扣除当天工资的100%作为缺勤处理，同时扣除全勤奖。如果这种规定不违反法律法规，且员工在入职时已知悉并同意，那么这种扣除方式就是合法的。

   • 情况二：工资扣除不合法：

     • 如果单位在扣除全勤奖的同时，还额外扣除的工资部分违反了法律法规的强制性规定（如扣除后的工资低于当地最低工资标准），或者单位没有明确的规章制度规定请假期间工资的扣除方式，或者规章制度本身不合法（如未经民主程序制定、未公示等），那么单位这种既扣全勤又另外扣工资的行为就是不合理的。
     • 例如，单位规章制度规定，员工请假一天，除了扣除全勤奖外，还要扣除当天工资的200%，这种扣除方式显然违反了法律法规，因为扣除后的工资可能低于当地最低工资标准。

法律建议：

• 员工应仔细阅读单位的规章制度，了解请假期间工资的扣除方式。
• 如果认为单位的扣除方式不合理或违法，可以与单位进行协商，要求单位改正。
• 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果单位的扣除方式合法且合理，员工需要接受并遵守。
• 如果单位的扣除方式不合法或不合理，员工有权要求单位改正，并可能获得相应的经济补偿。如果单位拒绝改正，员工可以通过法律途径维护自己的权益。

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