结论：正当请假扣全勤奖是否合理，需根据具体情况判断，若请假符合公司规定且公司制度合法，则扣全勤奖可能合理；若请假合法但公司制度违法或不合理，则扣全勤奖不合理。以下从不同角度详细分析：
一、公司制度合法性角度
公司制度合法且明确规定：
- 如果公司的规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件和扣除情形，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工在正当请假的情况下被扣除全勤奖，可能是合理的。
- 例如，公司规定全勤奖是针对全勤员工的一种奖励，如果员工因个人原因请假（即使正当），则不符合全勤条件，因此扣除全勤奖。这种规定在合法且明确告知员工的情况下，是具有合理性的。
公司制度违法或不合理：
- 如果公司的规章制度中关于全勤奖的扣除规定违反了法律法规的强制性规定，或者规定本身不合理（如无故扣除、歧视性扣除等），那么员工在正当请假的情况下被扣除全勤奖就是不合理的。
- 例如，公司规定无论请假原因如何，均扣除全勤奖，且该规定未经过民主程序制定或未告知员工，这种规定可能因违法或不合理而被认定无效。
二、请假合法性角度
正当请假：
- 正当请假通常指的是员工因合法原因（如病假、事假、婚假、产假等）向公司提出的请假申请，且该申请符合公司规定和法律法规的要求。
- 在正当请假的情况下，如果公司扣除全勤奖，需要审查公司制度是否合法且明确规定了扣除情形。
非法请假或违反公司规定：
- 如果员工请假的原因不合法或违反了公司规定（如未经批准擅自离岗、虚假请假等），那么公司扣除全勤奖可能是合理的，甚至可能构成对员工的纪律处分。
- 但这种情况与用户询问的“正当请假”不符，因此在此不做详细讨论。
三、实际操作建议
审查公司制度：
- 员工在请假前应仔细审查公司的规章制度，了解全勤奖的发放条件和扣除情形。
- 如果公司制度不明确或存在疑问，可以向公司人力资源部门或相关负责人咨询。
保留证据：
- 员工在请假时应保留相关证据（如请假条、医疗证明等），以证明请假的合法性和正当性。
- 如果公司扣除全勤奖，员工可以凭借这些证据进行申诉或维权。
协商与投诉：
- 如果员工认为公司扣除全勤奖不合理，可以与公司进行协商，寻求解决方案。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结与建议：正当请假扣全勤奖是否合理，需根据具体情况判断。员工在请假前应了解公司制度，保留相关证据，并在认为扣除不合理时与公司协商或寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。