结论前置：公司因员工请一天假而扣除全勤奖和当天工资的做法，其合理性需根据公司的规章制度、劳动合同以及法律法规进行综合判断。若公司规定合理且符合法律要求，则此做法可能合法；反之，则可能构成对员工权益的侵犯。以下是对此问题的详细分析：
一、关于当天工资的扣除
合法性基础：
- 根据《劳动法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬。员工正常请假并履行了企业规定的请假流程时，企业应按员工实际出勤天数计发工资。因此，扣除请假当天的基本工资在一般情况下是合法的，因为该期间员工未提供劳动。
不合理性情形：
- 如果公司扣除的金额过高，导致员工实际收入大幅度减少，或者公司未明确告知扣费标准，员工在不知情的情况下被扣除了工资，则可能构成恶意扣压工资，违反了劳动法的相关规定。
二、关于全勤奖的扣除
合法性条件：
- 全勤奖是用人单位为规范管理、提高员工工作积极性而设置的一项奖惩制度，属于工资总额中的奖金范畴。若公司的规章制度或劳动合同中明确规定了请假会扣除全勤奖，并且这一规定是通过民主程序制定并向员工公示的，且不违反法律法规的强制性规定，那么扣除全勤奖的做法可能是合法的。
不合理性情形：
- 若全勤奖被视为工资的一部分，且因请假扣除的全勤奖金额远超过缺勤时间的工资，或者公司规章制度及劳动合同中未明确规定请假会扣除全勤奖，则这种做法可能构成未足额支付劳动报酬的违法行为。
- 即使公司有规定，但若该规定过于苛刻，如仅因一天请假就全额扣除全勤奖，也可能因缺乏合理性而被认为是不合理的。
三、建议措施
与公司协商：
- 员工在遇到此类问题时，首先应尝试与公司进行友好沟通，询问扣费的合理性，并要求公司给出明确的解释和依据。如果公司能够给出合理的解释，并且员工认为其做法是合理的，可以接受这一结果。
法律途径维权：
- 若协商无果，员工认为公司的做法不合理且侵犯了自己的合法权益，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张，如请假记录、工资单、公司规章制度等。
- 如果对仲裁结果仍不满意，还可以依法向人民法院提起诉讼来维护自己的权益。但需注意诉讼程序的复杂性和耗时性，因此建议员工在决定采取法律途径前，充分评估自己的实际情况和维权成本。
四、注意事项
- 员工在入职时应仔细查阅公司的员工手册、劳动合同及规章制度，了解关于请假、全勤奖和扣款等方面的详细信息。
- 若对相关规定有疑问或发现不合法之处，应及时咨询公司的HR部门或寻求法律援助，以确保自己的权益不受侵害。
综上所述，公司在扣除员工请假当天的工资和全勤奖时，必须确保其行为符合法律法规和公司规章制度的要求。员工在面对此类问题时，也应了解自己的权益和维权途径，以便在必要时采取合适的行动来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。