加班按基本工资算，请假按所得工资算是不合法的。下面我从法律角度给你详细解释一下：

1. 加班工资的计算：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班工资应以劳动者的实际工资（包括基本工资、奖金、津贴等）作为计算基数，而非仅按基本工资计算。具体标准如下：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

2. 请假扣款的合法性：

   • 用人单位在扣除员工工资时，必须遵守相关法律法规，不得随意克扣或无故拖欠。请假扣款应基于合理的规章制度和劳动合同约定，且扣款金额不得超过法定标准。
   • 以工资总额为基数进行请假扣款，可能导致员工因一次请假而损失大量收入，这种做法显失公平，也不符合劳动法律法规的规定。

3. 实际影响与风险：

   • 对员工而言，加班按基本工资计算会损害其经济利益，而请假按工资总额扣减则增加了请假成本，可能抑制其合理休假需求。
   • 对用人单位而言，此类做法可能引发劳动争议，增加法律风险，并可能影响员工的满意度和忠诚度，进而影响企业的稳定发展。

4. 合规建议：

   • 用人单位应在劳动合同中清晰界定工资构成及加班工资计算基数，确保加班工资包含基本工资、奖金、津贴等全部工资性收入。
   • 制定符合法律规定的请假扣款规则，避免过度扣款，明确扣款依据为缺勤时间对应的工资部分。
   • 加强与员工的沟通，解释薪酬制度和请假政策，减少误解；并定期开展合规培训，提升管理层的法律意识。

综上所述，加班按基本工资算、请假按所得工资算的做法不符合我国劳动法律法规的规定。如果你遇到类似情况，可以向劳动保障监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。