结论：用基本工资来计算加班工资，这种做法通常是违法的，它侵害了劳动者的合法权益。
法律背景与解析
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资分配应遵循按劳分配原则，实行同工同酬。基本工资是劳动者在正常工作时间内应获得的报酬，而加班费则是劳动者在超出正常工作时间外，因工作需要继续劳动所应获得的额外补偿。具体来说：
基本法律规定：《劳动法》第四十四条明确规定了对于延长工作时间、休息日工作且不能安排补休、以及法定休假日工作的情形，用人单位需按照不同标准支付高于正常工作时间工资的工资报酬。这些标准分别是：不低于工资的百分之一百五十、百分之二百、百分之三百的工资报酬。
加班费性质：加班费是对劳动者额外劳动的补偿，它独立于基本工资之外，是额外的劳动报酬。因此，将加班费包含在基本工资内，或者仅用基本工资来计算加班工资，都是不合理的，也是违反劳动法规的。
违法行为的后果
如果用人单位仅用基本工资来计算加班工资，实际上是在未足额支付劳动者应得的加班费，这严重侵害了劳动者的合法权益。对此，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
劳动监察投诉：劳动者有权向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门将对用人单位进行调查，并根据调查结果责令用人单位支付拖欠的加班费，甚至可能对用人单位进行处罚。
劳动仲裁与诉讼：若用人单位拒绝支付加班费，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付加班费及相应的经济补偿。如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以进一步向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
实例说明
以小李为例，假设他的月基本工资为4000元，本月他加班了15个小时，其中平时加班10小时，休息日加班5小时。按照法律规定，公司应按照小李的正常小时工资标准的1.5倍（平时加班）和2倍（休息日加班）支付加班费。如果公司仅用基本工资4000元来计算加班工资，那么这显然是不符合法律规定的。小李有权要求公司按照其正常小时工资标准额外支付15个小时的加班工资，并可以通过上述途径来维护自己的权益。
特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况，比如用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资的计算方式，且该方式不低于法定标准。在这种情况下，如果双方均无异议，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种计算方式可能是合法的。但即便如此，用人单位也应确保劳动者的总工资（包括基本工资和加班费）不低于当地最低工资标准。
建议：作为劳动者，应了解自己的合法权益，并在遇到用人单位仅用基本工资来计算加班工资的情况时，及时采取适当的措施来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。