结论：请假扣钱算绩效工资、加班补钱只算基本工资是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 关于请假扣钱算绩效工资：

   • 合法情况：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了请假会扣除相应的绩效工资，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么这种做法是合法的。因为绩效工资本身是与员工的工作表现、出勤情况等挂钩的，公司有权根据员工的实际出勤情况来调整绩效工资的发放。
   • 不合法情况：如果公司没有明确的规章制度或劳动合同约定，或者扣除的绩效工资比例过高，导致员工的实际工资低于当地最低工资标准，那么这种做法就是不合法的。此外，如果公司扣除绩效工资的理由不充分或不合理，也可能构成违法行为。

2. 关于加班补钱只算基本工资：

   • 合法情况：根据《劳动法》的相关规定，加班工资的计算基数通常是以员工的基本工资为基准的。如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了加班工资只按基本工资计算，并且这种规定不低于法定标准（即不低于员工正常工作时间工资的百分之一百五十、百分之二百或百分之三百，具体取决于加班的时间段），那么这种做法是合法的。
   • 不合法情况：如果公司规定的加班工资计算基数低于法定标准，或者公司没有按照法定标准支付加班工资，那么这种做法就是不合法的。例如，如果公司只按基本工资的较低比例支付加班工资，而忽略了绩效工资等其他组成部分，就可能构成违法行为。

建议：

• 对于员工：如果遇到公司请假扣钱算绩效工资、加班补钱只算基本工资的情况，首先应查看公司的规章制度和劳动合同，了解相关规定。如果认为公司的做法不合法或不合理，可以向公司提出异议，或者向当地的劳动监察部门投诉。
• 对于公司：应制定合法、合理的规章制度和劳动合同条款，明确请假和加班工资的计算方式。同时，应确保这些规定不低于法定标准，以避免法律风险。

额外提醒：

• 劳动法律法规可能因地区而异，具体操作时还需结合当地的法律法规进行判断。
• 如果对公司的做法有疑问或不满，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门，以维护自己的合法权益。

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