结论：加班费按基本工资算，而事假扣款按基本工资加技能工资算，这种做法是否合法，需分情况讨论，一般情况下，若劳动合同或规章制度有明确约定且不违反法律规定，则合法；若无明确约定或违反法律规定，则可能不合法。
分析说明：
加班费计算依据：
- 根据《劳动法》及相关规定，加班费通常应按照劳动者正常工作时间工资的一定比例来计算。这里的“正常工作时间工资”一般指的是劳动者在正常工作时间内应得的报酬，通常包括基本工资以及可能存在的固定岗位津贴、补贴等，但一般不包括奖金、提成等非固定性收入。
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班费仅按基本工资计算，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法在法律上是可接受的。但需要注意的是，如果基本工资低于当地最低工资标准，那么加班费计算基数应至少为最低工资标准。
事假扣款依据：
- 事假扣款通常依据公司的规章制度或劳动合同中的约定进行。公司有权根据自身情况制定事假扣款政策，但这一政策必须合法、合理且公平。
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了事假扣款按基本工资加技能工资计算，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，同时劳动者在入职时已知晓并同意这一规定，那么这种做法在法律上是可接受的。
合法性判断：
- 合法情况：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班费和事假扣款的计算方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，同时劳动者在入职时已知晓并同意这些规定，那么公司的做法就是合法的。
- 不合法情况：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定加班费和事假扣款的计算方式，或者这些规定违反了法律法规的强制性规定（如加班费计算基数低于最低工资标准），或者劳动者在入职时并不知晓或不同意这些规定，那么公司的做法就可能不合法。
行动建议：
- 劳动者：如果你对公司的加班费和事假扣款政策有疑问或不满，建议首先查阅你的劳动合同和公司规章制度，了解相关规定。如果认为公司的做法不合法或不合理，可以与公司进行协商，或者向当地劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的合法权益。
- 公司：建议公司在制定加班费和事假扣款政策时，确保政策合法、合理且公平，并明确告知劳动者相关政策内容。同时，公司应定期审查和更新这些政策，以确保其符合最新的法律法规要求。
法律依据：
- 《劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 各地关于加班费计算基数的具体规定（如最低工资标准等）。
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