核心结论：单位违法认定辞职无效，且该认定已超过二年，劳动者可依据具体情况，通过协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自身权益。以下为具体情况分析：

1. 明确违法认定辞职无效的性质与依据

   • 单位违法认定辞职无效，通常意味着单位在未遵循法定程序或缺乏合法理由的情况下，单方面否定了劳动者辞职的效力。这种行为可能违反了《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规中关于劳动合同解除与终止的规定。
   • 劳动者需首先确认单位认定辞职无效的具体理由及依据，以便有针对性地采取应对措施。

2. 分析超过二年期限的影响

   • 劳动争议的时效性是一个重要考虑因素。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，这一时效期间可能因特定情况（如单位承诺履行义务、劳动者向有关部门请求权利救济等）而中断或中止。
   • 若单位违法认定辞职无效的行为已超过二年，且劳动者在此期间内未采取任何法律行动，则可能面临时效届满的风险。但需注意，若存在时效中断或中止的情形，劳动者仍有可能在法定时效内提起仲裁或诉讼。

3. 采取应对措施

   • 协商：劳动者可尝试与单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。协商过程中，劳动者可明确表达自己的诉求和理由，要求单位撤销违法认定，并恢复辞职的效力。
   • 申请劳动仲裁：若协商无果，劳动者可在法定时效内（若未超过）向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁过程中，劳动者需提供充分证据证明单位违法认定辞职无效的事实，并请求仲裁委员会裁决单位撤销该认定。
   • 提起诉讼：若劳动者对仲裁结果不满或仲裁委员会未予受理，劳动者可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼过程中，劳动者需继续提供证据支持自己的主张，并请求法院判决单位承担违法认定的法律责任。

4. 注意事项

   • 劳动者在采取任何法律行动前，应确保自己已收集并整理好相关证据，如辞职申请、单位认定无效的通知、与单位的沟通记录等。
   • 劳动者应密切关注时效问题，确保在法定时效内提起仲裁或诉讼。若因特殊情况导致时效中断或中止，劳动者应及时向相关部门申请时效中断或中止的认定。

温馨提示：面对单位违法认定辞职无效且已超过二年的情况，劳动者应保持冷静，根据自身情况选择合适的应对措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。