结论前置：和公司约定的工作时间超出法定工时，您仍然有权申请加班费。

详细分析：

1. 法定工时与加班的定义：

   • 根据我国《劳动法》的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是法定标准工作时间。
   • 当用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，即加班。加班是超出法定标准工作时间的工作。

2. 加班费的支付：

   • 根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 这意味着，只要您实际工作时间超出了法定标准工作时间，且用人单位未安排补休（在休息日加班的情况下），您就有权要求用人单位支付加班费。

3. 约定工时超出法定工时的处理：

   • 即使您和公司约定了超出法定工时的工作时间，这种约定并不免除用人单位支付加班费的义务。因为法定工时是法律对劳动者权益的保护，任何违反这一规定的约定都是无效的。
   • 如果公司未按照法律规定支付加班费，您有权向劳动监察部门投诉，或者通过劳动争议仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 首先，保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，这些证据将有助于您证明实际工作时间和加班情况。
   • 其次，与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付加班费。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 最后，如果对仲裁结果不满意，您还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

总结：和公司约定的工作时间超出法定工时，并不影响您申请加班费的权利。只要您实际工作时间超出了法定标准工作时间，且用人单位未按照法律规定支付加班费，您就有权通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。