结论前置：即使公司规定加班需要申请，只要符合加班的法定情形，劳动者仍然有权要求公司支付加班费。
法律层面分析
加班费的支付依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条及第四十四条的规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，并依法支付加班费。具体支付标准为：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排工作的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
加班申请制度的法律地位：
- 劳动法并未强制要求企业设置加班申请程序。然而，企业为了规范管理和明确责任，往往会通过内部规章制度来规定加班需提前申请，并明确申请流程、审批权限等内容。这些规章制度只要符合法律规定的民主程序和公示程序，对员工即具有约束力。但即便如此，未经批准的加班，如果符合加班的法定情形（如因生产经营需要且已与劳动者协商），劳动者仍有权要求支付加班费。
实际操作中的注意事项：
- 对于用人单位：建议制定明确的加班申请和审批制度，并与劳动者进行充分沟通和协商。这有助于确保加班安排的合理性、透明性，以及加班费的准确支付。同时，用人单位应确保加班申请制度不违反劳动法的相关规定，如不得以加班申请制度为由拒绝支付符合法定情形的加班费。
- 对于劳动者：应了解并遵守企业的加班申请制度。但如有证据证明加班是因生产经营需要且已与用人单位协商（如工作记录、同事证言等），即使未经批准，也有权要求用人单位支付加班费。
可能的法律后果
- 如果用人单位拒绝支付加班费：劳动者可以向当地劳动保障行政部门投诉，要求用人单位支付加班费及可能的赔偿金。根据《劳动保障监察条例》第二十五条，用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。
建议
- 对于双方：在加班问题上，用人单位与劳动者应保持充分沟通，明确加班的必要性、时间安排及加班费支付等事宜。这有助于减少潜在的劳动纠纷，维护双方的合法权益。
- 如有疑问：如果您在加班费支付方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。