公司超过合同约定工资标准发放的工资，不能直接认定为加班费。下面我详细为您解释这个问题：

1. 实际工资与合同约定工资的关系：

   • 当实际发放的工资标准高于原约定工资标准时，这通常被视为双方以实际履行的方式协商一致变更了劳动合同关于工资标准的约定。因此，实际发放的工资应作为新的工资标准。

2. 加班费的计算基数：

   • 加班费的计算基数应当是劳动者正常工作时间内应得的工资，这包括基本工资、岗位工资等固定收入部分。
   • 如果劳动合同没有明确约定加班费计算基数，或者约定不明确，应当以实际工资（即变更后的工资标准）作为计算基数。

3. 加班费的认定：

   • 仅仅因为公司发放的工资超过了合同约定的标准，并不能直接认定超出部分就是加班费。
   • 加班费的支付应当有明确的加班记录、加班时间以及相应的计算方式，并且需要符合劳动法的相关规定。

4. 法律建议：

   • 如果您认为公司未按照法律规定支付加班费，建议您首先与公司进行沟通，了解工资构成和加班费计算方式。
   • 如果沟通无果，您可以收集相关证据（如工资条、加班记录等），向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

综上所述，公司超过合同约定工资标准发放的工资，并不能直接认定为加班费。加班费的支付需要符合劳动法的相关规定，并且应有明确的加班记录和计算方式。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。