合同中约定按其基本工资发加班费，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若基本工资不低于当地最低工资标准，且加班费计算符合法定倍数：
- 在这种情况下，如果劳动合同中明确约定了加班费按照基本工资为基数进行计算，并且该基本工资不低于当地最低工资标准，同时加班费的支付倍数（如平时加班1.5倍、休息日加班2倍、法定节假日加班3倍）也符合法律规定，那么这种约定是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费的计算基数可以由劳动合同约定，但不得低于当地最低工资标准，且应按照法定的倍数来计算。
若基本工资低于当地最低工资标准，或加班费计算不符合法定倍数：
- 如果基本工资低于当地最低工资标准，或者虽然基本工资不低于最低工资标准，但加班费的支付倍数低于法定标准，那么这种约定就是违法的。
- 法律后果：劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。若用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以通过法律途径，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等方式，来维护自己的合法权益。
- 法律依据：最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。加班费的计算必须遵守国家规定的标准，不能随意降低。
实践中的注意事项：
- 合同条款应明确具体：在劳动合同中约定加班费计算方式时，应明确具体的计算基数、支付周期和标准等条款，以避免产生争议。例如，可以明确约定“加班费以基本工资XX元为基数，按照平时加班1.5倍、休息日加班2倍、法定节假日加班3倍的标准支付”。
- 保留相关证据：用人单位和劳动者都应保留好与工资支付相关的证据材料，如工资条、考勤记录、加班申请单等。这些证据在发生争议时将起到关键作用，有助于证明加班事实及加班费支付情况。
- 关注地方政策差异：不同地区对于加班费计算可能存在不同的政策和规定。因此，在签订劳动合同时，应关注当地的相关政策和法规要求，确保合同条款符合地方规定。
举例说明：
假设某地区最低工资标准为2000元/月，某员工的基本工资为2200元/月，劳动合同中约定加班费以基本工资为基数进行计算。若该员工在某月平时加班了10小时，休息日加班了8小时（且不能安排补休），法定节假日加班了4小时，那么按照法定标准，他应获得的加班费为：
- 平时加班费：\(2200元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 10小时 \times 150\% = 190.80元\)（结果保留两位小数）
- 休息日加班费：\(2200元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 8小时 \times 200\% = 202.30元\)（结果保留两位小数）
- 法定节假日加班费：\(2200元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 4小时 \times 300\% = 151.72元\)（结果保留两位小数）
若劳动合同中的约定与上述计算相符，且用人单位实际支付了相应的加班费，则这种约定是合法的。
总结与建议：
合同中约定按其基本工资发加班费是否合法，取决于基本工资是否不低于当地最低工资标准以及加班费计算是否符合法定倍数。为避免争议和法律风险，建议用人单位在签订劳动合同时明确加班费计算方式，并确保符合法律规定。同时，劳动者也应了解自己的权益和加班费计算标准，以便在必要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。