核心结论：若被迫离职通知书在途期间公司发放了工资，需分情况处理，具体如下：

1. 若工资发放符合劳动合同及法律规定
   根据《劳动合同法》第三十条，用人单位有义务按时足额支付劳动报酬。若公司发放的工资包含你应得的全部劳动报酬（如基本工资、绩效、加班费等），且无克扣、拖欠情形，则该发放行为合法。此时，你仍可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫离职的合法性（如公司存在未提供劳动条件、未依法缴纳社保等情形），但需注意：

   • 若被迫离职理由与工资发放无关（如公司调岗降薪、违法解除等），工资发放不影响你主张经济补偿金的权利；
     
   • 若被迫离职理由与工资发放直接相关（如公司长期拖欠工资），但公司在你发出通知书后补发，可能影响“被迫离职”的认定，需结合具体证据判断（如补发时间、是否构成根本违约等）。

2. 若工资发放存在瑕疵（如克扣、少发、延迟发放）
   若公司发放的工资低于应得标准，或未在约定时间发放，仍构成违法行为。此时：

   • 你可保留工资条、银行流水等证据，在被迫离职通知书中明确指出公司违法事实（如“因公司未足额支付XX月工资，现依据《劳动合同法》第三十八条解除劳动合同”）；
     
   • 后续申请劳动仲裁时，可主张经济补偿金（工作满1年支付1个月工资）及工资差额，并要求公司加付50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。

3. 操作建议

   • 固定证据：保存被迫离职通知书、工资发放记录、劳动合同、公司违法行为的证据（如调岗通知、未缴社保证明等）；
     
   • 书面沟通：若公司补发工资后试图否认被迫离职的合法性，可通过邮件或书面函件明确告知公司：“工资发放不影响本人因公司XX违法行为而被迫离职的事实，仍要求支付经济补偿金”；
     
   • 申请仲裁：若协商无果，需在离职后1年内向劳动仲裁委提起仲裁，主张经济补偿金、工资差额等权益。

提示：被迫离职的合法性及经济补偿金主张需严格符合法定条件，建议结合具体案情进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询劳动法相关问题。