结论前置：签了合作协议但实际存在劳动关系而未签劳动合同，是违法的；若双方确实为合作关系且明确约定，则不违法。具体是否违法，需根据双方关系的实质来判断。
一、合作协议与劳动合同的核心区别
主体关系：
- 合作协议：双方为平等的民事主体，地位平等，以合作为基础，不存在管理与被管理的关系。例如，两个独立的设计师合作完成一个项目，他们之间签订的就是合作协议。
- 劳动合同：用人单位与劳动者之间存在管理与被管理的关系，劳动者需遵守用人单位的规章制度，接受用人单位的管理和监督。
内容差异：
- 合作协议：主要规定合作事项中的权利与义务，如合作方式、收益分配、风险承担等。
- 劳动合同：明确工作内容、劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险等劳动者权益，以及用人单位的管理职责。
法律适用：
- 合作协议：主要受民法调整，双方按照约定履行义务，违约时承担民事责任。
- 劳动合同：受劳动法、劳动合同法规范，用人单位需遵守劳动法律法规，保障劳动者权益，否则可能面临行政处罚或民事赔偿。
二、判断签合作协议不签劳动合同是否违法的标准
劳动关系特征明显时违法：
- 当一方提供劳动，接受另一方的管理和监督，且劳动是单位业务的组成部分，单位定期支付报酬时，双方实际存在劳动关系。根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条，应订立书面劳动合同。未签订则违法，用人单位可能面临向劳动者支付双倍工资或视为订立无固定期限劳动合同的法律后果。例如，一个员工在公司工作，接受公司的管理，完成公司分配的任务，公司定期支付工资，但双方签订的是合作协议而非劳动合同，这种情况下就是违法的。
合作关系合法时无需劳动合同：
- 若双方为平等的民事主体，基于合作项目开展合作，各自独立承担责任，不存在管理与被管理关系，则签订合作协议即可，无需劳动合同。例如，两个公司合作开发一个新产品，各自负责不同的研发部分，按约定分享成果和承担风险，这种情况下签订合作协议就是合法的。
三、实践中的判断依据与建议
- 在实践中，判断双方关系的性质需综合考虑实际行为、协议条款等因素。若对关系性质有争议，可通过劳动仲裁或司法程序进行认定。
- 对于用人单位而言：若与劳动者建立劳动关系，应依法签订劳动合同，以保障劳动者合法权益，避免法律风险。不要试图通过签订合作协议来规避劳动法律法规的约束，否则可能面临严重的法律后果。
- 对于劳动者而言：若认为自己与用人单位存在劳动关系但签订的是合作协议，可以收集相关证据（如工作证、工资条、考勤记录等）向劳动仲裁机构申请仲裁，要求确认劳动关系并签订劳动合同或获得相应的赔偿。
- 对于合作者而言：应明确合作关系的本质，确保合作协议内容合法、有效，以维护自身权益。在签订合作协议前，应仔细阅读协议条款，了解自己的权利和义务，避免陷入不必要的法律纠纷。
四、法律后果
- 若用人单位未与劳动者签订劳动合同而实际存在劳动关系，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第六条和第七条，用人单位可能面临向劳动者每月支付两倍工资的法律后果，并可能被视为与劳动者订立了无固定期限劳动合同。
- 若双方确实为合作关系而签订了合作协议，但因协议内容违法或履行过程中产生纠纷，双方需根据民法相关规定承担民事责任。
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