劳动关系中签订合作协议是否有效、合法，需分情况讨论：

1. 若合作协议实质上构成劳动关系：

   • 有效性：如果合作协议的内容、双方的实际履行情况等均符合劳动关系的特征（如存在管理与被管理关系、劳动者提供劳动是用人单位业务的组成部分、用人单位支付劳动报酬等），那么即便双方签订的是合作协议，该协议也可能被认定为劳动合同，从而具有法律效力。但这种情况下，协议中的某些条款（如违反法律强制性规定的条款）可能无效。
   • 合法性：从合法性角度看，如果合作协议实质上构成了劳动关系，而双方又未按照劳动法的规定签订正式的劳动合同，这可能违反了劳动法的相关规定，如《劳动合同法》第十条关于“建立劳动关系，应当订立书面劳动合同”的规定。不过，这并不意味着整个合作协议无效，而是可能面临劳动行政部门的处罚，以及劳动者要求支付未签订书面劳动合同的双倍工资等风险。

2. 若合作协议实质上为民事合作关系：

   • 有效性：如果合作协议的内容、双方的实际履行情况等均表明双方为平等的民事主体，不存在管理与被管理关系，且合作内容不属于用人单位业务的组成部分，那么该合作协议应被视为民事合同，只要合同内容合法、双方意思表示真实，该协议即具有法律效力。
   • 合法性：在民事合作关系中，双方应遵守《民法典》等相关法律法规的规定，确保合作协议的合法性。只要合作协议不违反法律强制性规定、不损害社会公共利益、不违背公序良俗，且双方均具备相应的民事行为能力，该协议即合法有效。

法律建议：

• 对于用人单位：在签订合作协议时，应明确协议的性质和目的，避免将劳动关系伪装成民事合作关系，以规避劳动法的相关规定。否则，可能面临劳动行政部门的处罚，以及劳动者的法律诉求。
• 对于劳动者：在签订合作协议时，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。如果发现协议实质上构成了劳动关系，而用人单位又未按照劳动法的规定签订正式的劳动合同，劳动者有权要求用人单位签订书面劳动合同，并可以依法维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果合作协议被认定为劳动合同，而用人单位未按照劳动法的规定签订书面劳动合同，劳动者有权要求用人单位支付未签订书面劳动合同的双倍工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。
• 如果合作协议被认定为民事合同，而双方因协议履行发生争议，应依据《民法典》等相关法律法规的规定解决争议。

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