实际为劳动关系但签订的是合作协议，这种做法在法律上并不当然无效，但其性质及法律后果需根据具体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合作协议的有效性
内容合法性：合作协议若想有效，首先内容得符合法律法规的要求。这包括协议条款不违反法律强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益。
真实意愿体现：合作协议必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫或者重大误解等会让协议无效的法定情况。如果签订合作协议时，一方存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意愿的情况下签订协议，那么该协议可能被认定为无效。
二、合作协议与劳动合同的区别及法律后果
性质区别：
- 劳动合同：确立的是劳动关系，劳动者要受用人单位管理，用人单位还得承担像缴纳社保这类法定责任。
- 合作协议：主要体现的是平等主体之间的合作关系，双方权利义务大多按协议约定来。
法律后果：
- 若被认定为合作关系：双方非劳动关系，不受劳动法规调整，而是民事合同关系。这意味着劳动者不享有劳动法规定的诸如最低工资、加班工资、社保等保障。同时，双方按协议约定各自承担责任，如违约可能承担违约责任。发生纠纷时，依合同纠纷处理程序，通过协商、仲裁或诉讼解决。
- 若被认定为劳动关系：即使签订的是合作协议，但只要该协议具有劳动合同的特征（如一方受另一方管理、劳动报酬是固定的等），就可能被认定为劳动关系。此时，双方的权利义务将按照劳动法律法规来执行。用人单位需要承担缴纳社保等法定责任，劳动者的工作时间、休息休假等权益也将受到劳动法的保障。
三、实际为劳动关系但签订合作协议的风险及建议
风险：
- 劳动者风险：不享有劳动法规定的保障，如最低工资、加班工资、社保等。在发生工伤等事故时，可能无法适用工伤认定等劳动工伤规定，而需依民事侵权等规则处理。
- 用人单位风险：若被认定为劳动关系，用人单位可能面临未签订书面劳动合同的双倍工资赔偿、未缴纳社保的处罚等法律风险。
建议：
- 对于劳动者：在签订合作协议时，应仔细审查协议内容，确保其不违反劳动法律法规的强制性规定。同时，保留好与用人单位存在劳动关系的证据（如工作证、工资单、考勤记录等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应明确与劳动者之间的法律关系，避免通过签订合作协议来规避劳动法律法规的义务。若确实需要与劳动者建立合作关系，应确保合作协议的内容合法、合规，并明确双方的权利义务。
在实际操作中，如果双方对合作协议的性质存在争议，建议通过法律途径来解决。例如，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，由专业机构来判断合作协议的性质及双方的法律关系。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。