结论：员工同意公司签订劳务协议但实际存在劳动关系的情况，并不当然合法，需根据具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律关系的本质判断
劳动关系与劳务关系的区别：
- 劳动关系：通常指用人单位与劳动者之间，基于劳动合同而形成的，具有经济、人身从属性的法律关系。劳动者需接受用人单位的管理，从事用人单位安排的工作，并获得劳动报酬。
- 劳务关系：则是指平等主体之间，一方提供劳务，另一方支付报酬的法律关系。劳务关系中，双方地位平等，不存在管理与被管理的关系。
实际法律关系的认定：
- 即便双方签订了劳务协议，但如果实际履行过程中，员工接受公司的管理，从事公司安排的工作，且该工作是公司业务的组成部分，那么双方之间更可能构成劳动关系，而非劳务关系。
- 法院或仲裁机构在判断时，会综合考虑多种因素，如工作性质、工作时间、工作地点、报酬支付方式、管理方式等，以确定双方之间的实际法律关系。
二、签订劳务协议但实际存在劳动关系的法律后果
对员工的影响：
- 如果员工实际上与公司存在劳动关系，但双方签订的是劳务协议，员工可能无法享受到劳动关系下的相关权益，如社会保险、福利待遇、加班工资、经济补偿等。
- 在发生劳动争议时，员工可能需要通过法律途径来确认双方之间的劳动关系，并主张相应的权益。
对公司的影响：
- 公司可能面临法律风险，如被劳动行政部门处罚、被要求补缴社会保险、支付经济补偿等。
- 如果公司故意通过签订劳务协议来规避劳动关系下的法律义务，还可能构成欺诈或违法行为，需要承担相应的法律责任。
三、建议与措施
对于员工：
- 在签订协议前，应仔细阅读协议内容，明确双方之间的法律关系。
- 如果发现实际履行过程中与协议约定不符，应及时与公司沟通，并保留相关证据，以备不时之需。
- 在发生劳动争议时，应及时向劳动仲裁机构或法院申请仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。
对于公司：
- 应根据实际情况与员工签订合适的协议，避免通过签订劳务协议来规避劳动关系下的法律义务。
- 应加强对员工的管理和培训，确保员工了解并遵守公司的规章制度和劳动纪律。
- 在发生劳动争议时，应积极应对，配合劳动仲裁机构或法院的调查和调解工作，以维护公司的合法权益和声誉。
进一步思考：在实际操作中，劳动关系与劳务关系的界定可能存在一定的模糊性。因此，双方在签订协议时，应尽可能明确双方的权利和义务，避免产生不必要的争议。如果遇到复杂情况或不确定的问题，建议直接向我咨询，以便获得更专业、更具体的法律建议。