结论：特殊工时制未经审批备案，确实属于违法行为。但能否直接主张公司违法在先并要求赔偿2N，需根据具体情况来分析。
一、特殊工时制未经审批备案的违法性
根据我国相关法律法规，特殊工时制（如综合计算工时工作制和不定时工作制）的实施需要经过劳动行政部门的审批备案。这是为了保障劳动者的合法权益，确保特殊工时制的实施不会损害劳动者的休息权、健康权等。如果公司未经审批备案就擅自实施特殊工时制，那么这种行为就是违法的。
二、能否直接主张公司违法在先并要求赔偿2N
赔偿2N的适用条件：
- 赔偿2N通常指的是在用人单位违法解除劳动合同的情况下，劳动者可以要求用人单位支付的经济赔偿金，其数额为劳动者月工资的两倍乘以工作年限（N代表工作年限）。但这一赔偿标准并不直接适用于所有违法行为，而是特定于违法解除劳动合同的情形。
特殊工时制未经审批备案的后果：
- 如果公司未经审批备案就实施特殊工时制，劳动者可以向劳动行政部门投诉，要求公司改正违法行为。劳动行政部门有权对公司进行处罚，并要求公司补办审批备案手续。
- 在这种情况下，劳动者并不能直接主张公司违法在先并要求赔偿2N，因为这并不属于违法解除劳动合同的情形。但是，如果公司因为未经审批备案的特殊工时制而损害了劳动者的合法权益（如未支付加班费、未安排休息等），劳动者可以要求公司承担相应的法律责任，包括支付加班费、赔偿损失等。
可能的法律途径：
- 劳动者可以先与公司协商，要求公司改正违法行为并支付相应的赔偿。
- 如果协商无果，劳动者可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门对公司进行处罚并要求公司补办审批备案手续。
- 如果公司因为未经审批备案的特殊工时制而损害了劳动者的合法权益，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担相应的法律责任。
三、建议
- 保留证据：劳动者应保留好与公司签订的劳动合同、工资单、考勤记录等证据，以便在需要时证明自己的权益。
- 及时咨询：如果劳动者对公司的特殊工时制有疑问或认为自己的权益受到了损害，应及时向我咨询，以便了解自己的法律权益和可能的法律途径。
- 理性维权：在维权过程中，劳动者应保持理性，通过合法途径维护自己的权益，避免采取过激行为。
总之，特殊工时制未经审批备案确实属于违法行为，但劳动者能否直接主张公司违法在先并要求赔偿2N需根据具体情况来分析。如果劳动者认为自己的权益受到了损害，应及时咨询并采取合适的法律途径来维护自己的权益。