结论：特殊工时未申请批准却在劳动合同中约定特殊工时，并不直接导致整个劳动合同无效，但该特殊工时的约定条款可能因违法而无效，且用人单位可能面临行政处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同无效的情形：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同无效的情形主要包括：以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；以及违反法律、行政法规强制性规定的。
   • 在您所描述的情况下，虽然特殊工时未申请批准，但这并不直接等同于劳动合同存在欺诈、胁迫或违反法律、行政法规强制性规定等导致合同无效的情形。因此，整个劳动合同不会因此无效。

2. 特殊工时约定的效力：

   • 特殊工时制度（如综合计算工时工作制和不定时工作制）需要经过劳动行政部门的批准才能实施。如果用人单位未申请批准就在劳动合同中约定特殊工时，那么该约定可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
   • 这意味着，尽管劳动合同整体有效，但关于特殊工时的具体约定条款可能无效。劳动者有权要求按照标准工时制度来执行，或者要求用人单位支付相应的加班费。

3. 用人单位的法律责任：

   • 除了特殊工时约定可能无效外，用人单位还可能因未依法申请特殊工时制度而面临劳动行政部门的行政处罚。
   • 行政处罚可能包括警告、罚款等，具体处罚力度会根据违法情节的严重程度来确定。

4. 劳动者的权益保护：

   • 劳动者在发现用人单位未依法申请特殊工时制度却在劳动合同中约定特殊工时的情况下，有权向劳动行政部门投诉或举报。
   • 劳动者还可以与用人单位协商解决争议，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

建议：

• 对于用人单位而言，应当严格遵守法律法规的规定，依法申请特殊工时制度，并在劳动合同中明确约定合法有效的工时制度。
• 对于劳动者而言，应当了解自己的权益和义务，及时关注用人单位是否依法执行工时制度，并在发现违法行为时及时采取措施维护自己的合法权益。

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