未经批准采取特殊工时制度，用人单位将可能面临责令支付延长工作时间的工资、补办审批手续以及罚款等处罚。

一. 特殊工时制度的定义与适用范围

• 特殊工时制度包括综合工时制和不定时工时制，是针对因工作性质特殊而无法按照标准工时制（每日工作8小时、每周工作40小时）工作的职工所采取的一种工时制度。
• 综合工时制适用于需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工；不定时工时制则适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围关系，无法按标准工作时间衡量的职工。

二. 未经批准采取特殊工时制度的法律后果

• 责令支付延长工作时间的工资：根据《内蒙古自治区劳动者工资保障规定》第三十三条，用人单位未经劳动保障部门批准，擅自实行综合计算工时和不定时工作制的，劳动保障部门将责令其向劳动者支付延长工作时间的工资。
• 补办审批手续：同样依据上述规定，用人单位在未经批准的情况下实行特殊工时制，除需支付延长工作时间的工资外，还需补办审批手续。
• 罚款：若用人单位拒不执行上述规定，将处以5000元以上1万元以下罚款。

三. 实际操作中的建议

• 用人单位在采用特殊工时制度前，务必向当地人力资源和社会保障局提交书面申请材料，并经过批准后方可实行。
• 若用人单位已擅自实行特殊工时制度，应立即停止该行为，并主动向劳动保障部门申报补办审批手续，同时支付劳动者可能因延长工作时间而产生的工资。
• 为避免法律风险，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保在采用特殊工时制度时获得合法批准，并妥善处理好与劳动者的劳动关系。

综上所述，未经批准采取特殊工时制度将可能给用人单位带来严重的法律后果。因此，我建议用人单位在采用特殊工时制度前务必咨询当地人力资源和社会保障局，并严格按照相关规定进行申请和审批。如有进一步需要，您可以继续咨询我。