特殊工时制未经审批是无效的。以下是对此问题的详细分析：
一、特殊工时制度的定义与审批要求
特殊工时制度，是指因工作性质或生产特点的限制，无法实行标准工时制度（即每日工作8小时，每周工作40小时），而依法实行的其他工作和休息办法。这包括但不限于缩短工时制、综合计算工时工作制、不定时工作制以及计件工作制等。用人单位欲实施特殊工时制度，必须事先向当地劳动行政部门提交申请，并获得审批通过。这是法定程序，未经审批的特殊工时制度约定无效。
二、未经审批的特殊工时制度无效的原因
违反法定程序：
- 特殊工时制度的实施，需要用人单位与劳动者双方协商一致，并经过劳动行政部门的审批。这是法律规定的必要程序，旨在保护劳动者的合法权益，确保用人单位的生产经营需要与劳动者的休息休假权益得到平衡。未经审批，即违反了这一法定程序，因此无效。
损害劳动者权益的风险：
- 未经审批的特殊工时制度，可能缺乏必要的监管和约束，导致用人单位过度延长工作时间、不合理压缩休息休假时间等，从而损害劳动者的合法权益。即使双方在劳动合同中有明确约定，也不能替代行政审批的必要性，因为行政审批是对特殊工时制度合法性和合理性的审查。
三、实践中的争议与主流观点
- 对于未经审批但双方有真实意思表示的特殊工时制度约定，实务中存在一定争议。但主流观点认为，未经行政审批的约定仍属无效。这是因为，行政审批是特殊工时制度生效的必要条件，未经审批的约定无法获得法律的认可和保护。
四、法律建议
用人单位应严格遵守审批程序：
- 用人单位在设定特殊工时制度时，应严格遵守相关法律法规和劳动行政部门的规定，确保制度的合法性和有效性。在申请特殊工时制度审批前，先与劳动者进行充分沟通并达成一致意见；在获得审批后，再将相关内容明确写入劳动合同中，并以适当方式告知劳动者。
劳动者应了解自己的权益：
- 劳动者在签订劳动合同时，应充分了解自己的权益和劳动合同的约定内容。如果发现用人单位未经审批擅自实施特殊工时制度，有权向劳动行政部门投诉或寻求法律援助，以维护自身的合法权益。
综上所述，特殊工时制未经审批是无效的。用人单位应严格遵守相关法律法规和审批程序，确保特殊工时制度的合法性和有效性；劳动者也应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。