不定时工作制若公司已获得批复但未在用工备案，这种做法通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、不定时工作制的审批与备案要求
审批必要性：
- 根据相关劳动法律法规，企业实行不定时工作制必须经过劳动行政部门的审批。这一程序是审查企业实施该工时制度是否符合法律规定、是否满足特定条件的重要环节。
备案的重要性：
- 备案是审批流程的一部分，它确保了劳动行政部门对企业实行不定时工作制的知情权和监督权。未进行用工备案，可能意味着企业未完全履行审批程序，从而影响了不定时工作制的合法性。
二、未备案的法律后果
合法性存疑：
- 尽管公司可能已经获得了不定时工作制的批复，但未在用工备案可能使得该批复的合法性受到质疑。在司法实践中，未经完整审批程序（包括备案）的不定时工作制，很可能被认定为无效。
法律风险：
- 企业可能面临劳动保障部门的警告、责令限期改正以及罚款等行政处罚。此外，如果因此引发劳动争议，企业可能因未履行法定程序而承担不利后果。
三、实践中的注意事项
确保审批与备案的完整性：
- 企业在实行不定时工作制前，应确保已经完成了包括审批和备案在内的所有法定程序。这不仅是遵守法律的要求，也是保障劳动者权益的重要体现。
及时沟通与咨询：
- 如果企业在实行不定时工作制过程中遇到任何问题或疑虑，应及时与劳动行政部门沟通并咨询专业律师的意见。这有助于企业避免潜在的法律风险，并确保不定时工作制的顺利实施。
四、建议与行动
立即补办备案手续：
- 如果公司已经获得了不定时工作制的批复但未进行用工备案，建议立即补办相关手续。这有助于确保不定时工作制的合法性，并避免潜在的法律风险。
审查与完善内部制度：
- 公司应审查其内部关于不定时工作制的制度，确保其符合相关法律法规的要求。同时，应完善相关制度，明确不定时工作制的实施范围、工作时间、休息休假等关键条款。
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