结论前置：

1. 员工有权拒绝签署标准工时合同，若公司已申请特殊工时制度但未获批准或未明确告知员工。
2. 若公司特殊工时制度已获批准且明确告知员工，员工拒绝签署可能面临合同不续签或解除的风险，但需依据具体法律法规和合同条款判断。

详细分析：

首先，我们需要明确特殊工时制度与标准工时制度的区别。特殊工时制度通常包括不定时工作制和综合计算工时工作制，它们与标准工时制度（即每日工作8小时，每周工作40小时）在工作时间、休息休假等方面存在差异。

情况一：公司申请特殊工时制度但未获批准或未明确告知员工

• 在此情况下，公司仍然需要按照标准工时制度来安排员工的工作。如果公司要求员工签署标准工时合同，而员工对此有异议或认为自己的权益可能受到侵害，员工有权拒绝签署。
• 员工拒绝签署后，公司不能单方面强制员工签署或因此解除与员工的劳动合同。如果公司因此解除劳动合同，可能构成违法解除，员工有权要求公司支付赔偿金。

情况二：公司特殊工时制度已获批准且明确告知员工

• 如果公司已经获得了特殊工时制度的批准，并且明确告知了员工这一制度的具体内容，包括工作时间、休息休假等安排，那么员工在签署劳动合同时需要对此进行考虑。
• 如果员工认为特殊工时制度不符合自己的期望或需求，可以选择不签署劳动合同或与公司协商修改合同条款。然而，如果员工已经签署了劳动合同并接受了特殊工时制度，之后又拒绝按照该制度工作或签署相关文件，可能会面临合同不续签或解除的风险。
• 在此情况下，员工需要仔细审查劳动合同中的条款，特别是关于工作时间、休息休假、工资支付等方面的约定。如果认为这些条款违反了法律法规或侵犯了自己的权益，可以与公司进行协商或寻求法律援助。

法律建议：

• 在面对公司要求签署标准工时合同的情况时，员工应首先了解公司是否已经申请了特殊工时制度以及该制度是否已经获得批准。
• 如果公司已经获得了特殊工时制度的批准，员工应仔细审查劳动合同中的相关条款，确保自己的权益得到保障。
• 如果员工对特殊工时制度有异议或认为自己的权益可能受到侵害，可以与公司进行协商或寻求法律援助。在协商或寻求法律援助的过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录等。

可能后果：

• 如果员工拒绝签署标准工时合同且公司未获得特殊工时制度批准或未明确告知员工，公司可能无法强制员工签署合同或因此解除劳动合同。
• 如果员工拒绝签署标准工时合同但公司特殊工时制度已获批准且明确告知员工，员工可能面临合同不续签或解除的风险。然而，这一风险的具体程度取决于劳动合同中的条款以及相关法律法规的规定。

总结与进一步思考：

在面对公司要求签署标准工时合同的情况时，员工应充分了解自己的权益和公司的要求，并根据实际情况做出决策。如果员工对特殊工时制度有异议或认为自己的权益可能受到侵害，应及时与公司进行协商或寻求法律援助。同时，员工也应保留好相关证据，以备不时之需。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。