关于员工死亡后公司申请工伤但人社局不认定工伤，以及工伤是否需要人社部门赔偿的问题，以下是我的详细解答：
人社局不认定工伤的可能原因：
- 不符合工伤认定条件：根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定需满足一定条件，如工作时间、工作场所内因工作原因受到事故伤害，或上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害等。若员工死亡情形不符合这些条件，人社局可能不予认定工伤。
- 证据不足：申请工伤认定需提供充分的证据，如事故现场照片、医疗证明、证人证言等。若公司提供的证据不足以证明员工死亡与工作有关，人社局也可能不予认定。
- 程序问题：工伤认定申请需遵循一定的程序，如提交申请的时间、地点、方式等。若公司在申请过程中存在程序瑕疵，也可能导致人社局不认定工伤。
工伤赔偿的责任主体：
- 工伤保险基金：若员工被认定为工伤，其医疗费用、伤残津贴、一次性工亡补助金等赔偿项目，通常由工伤保险基金支付。工伤保险基金是由用人单位缴纳的工伤保险费和政府财政补贴等组成的，用于支付工伤职工的工伤保险待遇。
- 用人单位：在特定情况下，如用人单位未依法缴纳工伤保险费，或工伤保险基金不足以支付全部赔偿项目时，用人单位需承担补充赔偿责任。此外，若员工死亡是由于用人单位的违法行为或过错导致的，用人单位还需承担相应的民事赔偿责任。
针对您的情况的建议：
- 了解不认定工伤的具体原因：公司应与人社局沟通，了解不认定工伤的具体原因，以便针对性地采取措施。
- 补充证据或申请复议：若认为不认定工伤的决定有误，公司可以补充相关证据，或向人社局申请复议，甚至提起行政诉讼，以维护自身和员工的合法权益。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议公司咨询专业律师，以便更准确地理解法律规定，制定有效的应对策略。
总结来说，人社局不认定工伤可能是由于不符合工伤认定条件、证据不足或程序问题等原因导致的。而工伤赔偿的责任主体主要是工伤保险基金，但在特定情况下用人单位也需承担补充赔偿责任。针对您的情况，建议公司与人社局沟通了解具体原因，并考虑补充证据或申请复议等措施。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。