核心结论：员工因违反劳动合同被辞退且不办理离职手续的，原工资仍需结算，但结算方式及可能存在的扣减需分情况讨论。以下是具体分析：
工资结算的法定义务
根据《劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》第九条，用人单位必须按时足额支付劳动者工资，无论劳动者是否办理离职手续。即使员工因严重违纪被辞退，用人单位仍需结算其工作期间的应得工资（包括基本工资、绩效、奖金等），不得以“未办离职”为由拒付。
未办离职手续的影响与处理
- 工资扣减的合法性：若员工未办理离职手续导致用人单位产生实际损失（如未归还公司财物、未交接工作导致项目停滞等），用人单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条，在提供证据后，从工资中扣除相应赔偿。但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 举证责任：用人单位需证明损失与员工未办离职的直接关联性（如书面交接清单、财物归还记录、项目损失评估报告等），否则无法主张扣减。
用人单位的应对建议
- 书面通知与留证：向员工发送书面《解除劳动合同通知书》，明确辞退原因（如严重违纪条款）、工资结算方式及办理离职的期限，要求其签字确认或通过邮寄/邮件留存送达证据。
- 主动结算工资：即使员工未办离职，用人单位也应按实际出勤天数结算工资，并通过银行转账或现金支付（需员工签收）完成支付义务，避免因拖欠工资被员工主张经济补偿。
- 法律追责：若员工拒不交接工作或归还财物，用人单位可依据《劳动合同法》第五十条，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求员工赔偿损失，而非直接扣减工资。
总结：员工违反劳动合同被辞退后，用人单位必须结算其应得工资，但可依法主张因未办离职导致的损失赔偿（需举证）。建议用人单位通过书面通知、主动支付工资、留存证据等方式规避风险，必要时通过法律途径解决争议。如有具体案例细节，可进一步向我咨询。