关于“公司调休以年休假来抵是否合法”的问题，这主要取决于公司是否与员工进行了充分协商并征得了员工的同意，以及是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情形：
- 与员工协商一致：根据《企业职工带薪年休假实施办法》第九条，用人单位应考虑职工本人意愿，统筹安排年休假。如果公司在调休前与员工进行了充分沟通，并获得了员工的书面同意，将调休时间用年休假来抵充，这种做法是合法的。例如，公司因业务调整需要统一调休，提前召开员工大会说明情况并获得员工同意后实施，此做法符合法律规定。
- 符合年休假天数规定：员工根据工作年限享有不同天数的年休假。在法定情形下，如因不可抗力导致公司无法正常生产经营，公司可以在保障员工年休假权益的前提下，统筹安排员工休年休假。例如，自然灾害导致生产场地被破坏，公司可通知员工调休并使用年休假进行冲抵，这种安排通常被认可。
- 合理安排与提前通知：公司应确保年休假的安排合理，且提前通知员工，以保障员工的休息权利和知情权。
不合法情形：
- 未协商强行安排：如果公司未与员工进行任何协商，单方面决定将调休时间用年休假来冲抵，这违反了“考虑职工本人意愿”的规定，属于不合法行为。例如，公司突然通知员工调休，并直接告知算作年休假，员工没有表达意见的机会，这种做法侵犯了员工对年休假的自主安排权。
- 年休假天数不足仍强制使用：当员工的年休假已经休完或剩余天数少于公司安排的调休天数时，公司仍强行用年休假来抵充调休时间，这也是不合法的。例如，员工全年年休假为5天，已休3天，还剩2天，但公司却安排其调休5天并全部按年休假处理，这超出了员工应享受的年休假范围，损害了员工的合法权益。
法律建议：
- 作为员工，应了解自己的年休假权益，包括年休假的天数、使用方式等。
- 如果公司提出调休并用年休假来抵充，员工应与公司进行充分沟通，表达自己的意愿和需求。
- 如果认为公司的安排不合法或侵犯了自己的权益，员工可以先与公司协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司未经员工同意擅自用年休假抵充调休，员工有权要求公司纠正错误做法，并可能要求公司支付相应的经济补偿或赔偿。
- 在极端情况下，如果公司的行为严重侵犯了员工的权益，员工还可以考虑解除劳动合同并要求公司支付赔偿金。
总之，公司调休以年休假来抵是否合法，取决于是否征得员工同意、是否合理安排以及是否符合相关法律法规的规定。员工应了解自己的权益，并在遇到问题时采取适当措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。