结论前置：公司拿年假抵消请假是否合法，这主要取决于是否事先与员工达成协议并征得员工同意，同时需遵守相关法律法规。未经员工同意擅自抵扣是不合法的。下面我将从多个角度详细分析这一问题。
合法情况分析
员工同意与自主处分：
- 如果公司提前与员工进行了充分的沟通协商，并且员工明确同意用公司统一放假的时间来抵扣年假，这种情况下是合法的。年假虽为法定权利，但员工有权自主处分其休假权利，同意抵扣即视为对自身权利的合法处分。例如，公司因业务调整需要统一放假，与员工协商后，员工同意将这部分假期作为年假抵扣，这是合法的。
规章制度的有效性：
- 若公司有明确的规章制度，规定在特定情况下公司放假可以抵扣年假，且该规章制度在制定时经过了民主程序讨论，并向员工公示，那么这种规定可能被认定为有效。在此情况下，依据规章制度进行的抵扣也是合法的。但需注意，规章制度的内容必须合法，且不得侵犯员工的合法权益。
法律依据：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。这意味着，在尊重员工意愿的前提下，单位有权安排年休假，包括可能的抵扣安排。同时，单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假，并对职工应休未休的年休假天数，按照该职工日工资收入的300％支付年休假工资报酬。
不合法情况分析
未经员工同意：
- 公司未经员工同意，擅自将放假时间抵扣年假，这侵犯了员工自主安排年假的权利，是不合法的。年假是员工的法定假期，员工有权在合适的时间按照自己的意愿申请和安排休假。例如，公司未经员工同意，直接将某段假期作为年假抵扣，这是违法的。
规章制度不合法：
- 如果公司的规章制度在制定时没有经过民主程序讨论，或未向员工公示，那么即使其中有关于放假抵扣年假的规定，该规定也是无效的。以这样的规定来抵扣年假，同样是不合法的。
法定节假日不可抵扣：
- 法定节假日是全体员工统一放假的日子，这些天数不能用于抵扣员工的年假。如果公司试图将法定节假日计入抵扣范围，也是违法的。
员工权益保护与救济途径
- 如果员工认为公司放假抵扣年假的行为侵犯了自己的合法权益，首先应与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误做法。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行查处，并责令改正及支付应休未休年假的工资报酬。
- 员工还可以选择申请劳动争议仲裁，通过法律途径来维护自己的年假权益。在申请仲裁时，员工需要收集相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条等，以证明公司的违法行为。
总结与建议：公司拿年假抵消请假是否合法，关键在于是否事先与员工达成协议并征得员工同意，同时需遵守相关法律法规。作为员工，应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如果遇到公司擅自抵扣年假的情况，建议先与公司沟通协商，若无法解决，再寻求法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。