休年假抵加班是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据
《职工带薪年休假条例》第二条：
- 机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（年休假）。单位应当保证职工享受年休假，且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。此条款明确了年休假是“带薪”的，即休年假期间，工资应照常发放，不应与加班费挂钩。
《劳动法》第四十五条：
- 国家实行带薪年休假制度。劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。该条款从法律层面确立了带薪年休假制度，强调了劳动者的休息权利。
《企业职工带薪年休假实施办法》第十条与第十一条：
- 第十条进一步细化规定，用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工休假天数少于应休年休假天数的，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这一条款明确了未休年休假的补偿标准，但并未提及休年假需扣除加班费的情况。
- 第十一条则规定了年休假工资的计算方式，强调是剔除加班工资后的月平均工资，这反向说明了休年假期间不应涉及扣除加班费的问题。
二、法理分析
加班费与年休假工资性质不同：
- 加班费是劳动者在法定工作时间之外额外付出劳动所应得的补偿，是对超时劳动的回报；而年休假是劳动者依法享有的休息权利，旨在保障劳动者的身心健康和合法权益。两者属于不同的法律概念和权益范畴，不应相互抵扣。
用人单位责任明确：
- 用人单位应当严格遵守相关法律法规，确保职工在休年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，不得以任何理由扣除加班费或其他应得报酬。
三、实际应用与操作建议
员工维权途径：
- 如果员工遭遇休年假被扣除加班费的情况，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。法律将保护劳动者的正当权益不受侵犯。
操作建议：
- 劳动者在休年休假前应与用人单位明确工资及加班费的支付标准，确保自己的权益不受侵害。
- 如遇用人单位违法扣除加班费的情况，劳动者应及时收集证据，如工资条、考勤记录等，并向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、实际案例参考
- 在实际操作中，如果用人单位以休年休假为由扣除劳动者的加班费，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等方式维护自己的合法权益。例如，某公司员工在休年休假期间被扣除加班费，经劳动仲裁委员会审理后，裁定公司应补发该员工的加班费。
综上所述，休年假抵加班是不合法的行为，用人单位应依法行事，确保职工的合法权益得到充分保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。