公司调休强制扣年假是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否尊重员工意愿、符合年假安排规定，并且不侵犯员工合法权益。以下从不同角度进行分析：
合法情况
尊重员工意愿与合理安排：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位在安排年休假时，应充分考虑职工本人的意愿。若公司在安排调休并强制扣年假前，与员工进行了充分沟通，员工没有提出特殊反对意见，且公司的安排符合法律规定的年假安排规则（如集中或分段安排，不跨或仅跨1个年度安排），则这种做法可视为合法。
- 例如，在业务淡季或整体工作安排需要时，公司可以在考虑员工意愿的基础上，统一安排员工调休并扣减相应年假天数，这通常被视为合理的做法。
业务需求与员工同意：
- 若公司因生产、工作特点确有必要在特定时间安排员工调休并扣减年假，且已征得员工同意，这种安排也是合法的。
- 例如，公司因承接紧急项目需要员工连续工作一段时间，之后安排员工调休并扣减相应年假天数，以补偿员工之前的加班，这种做法在员工同意的情况下是合法的。
不合法情况
未考虑员工意愿：
- 如果公司完全不顾员工是否方便在某个时间段休假，生硬地强制员工在特定时间调休并扣减年假，这可能侵犯了员工合理安排个人生活和工作的权利，构成违法。
- 例如，员工在特定时间段内有重要个人事务需要处理，如家庭聚会、医疗检查等，公司仍强制要求员工调休并扣减年假，这种做法是不合法的。
违反年假安排规定：
- 若公司强制员工调休并扣减年假的安排不符合法律规定的年假安排方式，如跨年度安排超过了法律规定的范围（一般不跨年度安排，特殊情况下可跨1个年度安排），或者年假天数安排不符合法律规定（如未按照员工实际工作年限计算年假天数），也构成违法。
以调休抵充正常工作时间或变相克扣工资：
- 公司以强制员工调休并扣减年假的名义，让员工在正常工作时间休假，之后又不按照正常出勤支付工资，或者以调休为由减少员工的加班费、奖金等福利待遇，这种做法属于变相克扣工资，是明显违法的。
员工权益保护与建议
- 与公司协商：员工认为公司强制调休并扣减年假的安排不合理时，有权与公司进行沟通协商，表达自己的意愿和诉求，要求公司纠正不合理的安排。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理公司的违法行为。
- 申请劳动仲裁或起诉：在必要时，员工还可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。如果公司确实存在违法行为，员工有权要求相应的补偿或赔偿。
总结来说，公司调休强制扣年假的合法性取决于多个因素，包括是否尊重员工意愿、是否符合年假安排规定以及是否侵犯员工合法权益等。员工在面对公司强制调休并扣减年假的行为时，应了解自己的权益和维权途径，以确保自己的合法权益得到保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。