公司强制调休扣工资是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法的情形
符合法定加班及调休规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，如果员工存在加班情况，公司有权在合理范围内安排调休以弥补员工的休息时间，且在此情况下扣工资（实际是以调休替代加班费）是合法的，但前提是调休应基于员工之前的加班时长，且调整后的总休息天数不得少于国家法定节假日总和。同时，公司应及时安排调休，根据劳动保障相关法律，企业在安排职工加班后，必须在半年时间内安排调休或支付加班费。
出于公共利益或紧急情况的需要：
- 在涉及公共利益的紧急情况，如自然灾害、公共卫生事件等特殊情况下，公司可能需要对员工的工作和休息时间进行统一调整，以保障公共安全和公司的生存发展。此类调休应基于公共利益的需要，并在保障员工基本权益的前提下进行，且通常不会扣工资。
基于工作原因或企业客观需要，且经员工同意：
- 如果公司因工作或实际状况需要调整员工的休息时间，且这种调整是合理的，同时经过了员工的同意，那么这种调休是合法的，且不应扣工资。
不合法的情形
法定节假日强制调休扣工资：
- 法定节假日是劳动者依法享有的休息时间，如元旦、春节等。根据《劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应依法支付工资。若公司强制员工在法定节假日调休并扣工资，则违反了法律规定。
年休假强制调休扣工资：
- 按照《职工带薪年休假条例》，职工累计工作一定年限享有相应天数的年休假。单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，应经职工本人同意，并按日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。若公司强制员工休年休假并扣工资，则不符合法律要求。
非因劳动者原因造成单位停工、停产强制调休扣工资：
- 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。若超过一个工资支付周期，劳动者提供正常劳动则劳动报酬不得低于最低工资标准；未提供正常劳动则按国家有关规定办理。公司在此情况下强制调休并扣工资也是不合法的。
未经员工协商一致，擅自强制调休并扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。工作时间和休息休假是劳动合同的重要内容之一。如果公司未经员工协商一致，擅自强制调休并扣工资，可能构成对劳动合同的违约和对劳动者合法权益的侵犯。
应对措施
- 遇到公司强制调休扣工资的情况，劳动者首先应与公司进行协商沟通，要求公司说明扣工资的依据和理由。
- 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：公司强制调休扣工资的行为是否合法，需综合考虑多种因素。在大多数情况下，公司无故强制调休并扣工资是不合法的。然而，在特定情况下，如符合法定加班及调休规定、出于公共利益或紧急情况的需要、基于工作原因或企业客观需要且经员工同意等，该行为可能被视为合法。但无论如何，公司都应遵守相关法律法规，确保员工权益得到保障。劳动者也应积极维护自己的合法权益，通过协商、投诉或仲裁等方式寻求解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。