公司经营困难强制调休扣工资，一般情况下是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定层面
根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这意味着，如果公司因为经营困难而强制员工调休，并非员工的过错，那么在一个工资支付周期内，公司不能随意扣减工资。
二、公司经营困难与工资支付
如果公司确实因为经营困难需要安排员工调休，并且这种调休是出于合理原因，如设备检修、订单减少等，那么公司可以与员工协商工资支付方式。但这种协商必须建立在双方自愿、平等的基础上，公司不能单方面强制扣减工资。如果公司未经员工同意就擅自扣减工资，那么这种行为就是不合法的。
三、员工权益维护
如果公司无正当理由强制员工调休并扣减工资，员工可以依法维护自身权益。具体来说，员工可以先与公司进行沟通，要求公司按照法律规定支付工资。如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司改正。此外，员工还可以申请劳动仲裁，要求公司支付克扣的工资及相应的经济补偿。
四、特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况。如果员工违反了公司合法的规章制度，公司依据制度对员工进行合理惩戒，包括强制调休并依规扣减相应工资，且该制度经过民主程序制定并已公示，那么这种行为可能不构成违法。但公司需要承担举证责任，证明制度的合法性与扣工资的合理性。
建议：
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