结论：公司经营不善扣工资是否合法，需分情况讨论。若公司未经与员工协商一致，单方面扣工资，则属于违法行为；若公司确实面临经营困难，且与员工协商一致并采用书面形式变更劳动合同，则扣工资可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、合法扣工资的情形
经营困难且协商一致：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且变更劳动合同应当采用书面形式。
- 实例说明：若公司确实面临经营不善、经济压力等客观情况，且与员工就扣工资事宜进行了充分沟通并达成一致意见，同时采用书面形式变更了劳动合同，那么这种扣工资行为是合法的。
遵循规章制度：
- 如果公司的规章制度或集体合同中规定了扣工资的相关条款，且这些规定是通过民主程序制定并已向员工公示的，那么按照这些规定进行的扣工资也是合法的。但需注意，这些规章制度或集体合同的内容必须合法合规，不得侵犯员工的合法权益。
二、非法扣工资的情形
未经协商单方面扣工资：
- 若公司未经与员工协商一致，单方面以经营不利为由进行扣工资，这种行为违反了《劳动合同法》的相关规定，属于违法行为。员工有权拒绝这种扣工资行为，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
缺乏合理依据扣工资：
- 仅以经营不善为模糊理由，未提供详细、合理、可证明的财务数据等证据来支撑扣工资的必要性，也构成非法扣工资。公司需要提供充分的证据来证明其扣工资的合理性，否则将承担法律责任。
歧视性扣工资：
- 扣工资过程中若存在对特定员工或群体的歧视和不公平现象，同样属于非法扣工资。公司应确保扣工资行为的公平性和合理性，避免对任何员工或群体进行歧视。
三、员工应对办法
积极协商：
- 面对公司扣工资行为，员工应首先与公司进行充分沟通，了解公司扣工资的具体原因和依据，并争取达成双方都能接受的解决方案。
保留证据：
- 员工应注意收集并保留与公司扣工资行为相关的所有证据，如工资条、考勤记录、劳动合同、沟通记录等，以备后续维权之需。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若协商未果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司的扣工资行为是违法的，并要求公司支付相应的工资差额和经济补偿。
建议：公司在经营不善时，应优先考虑通过合法合规的方式调整工资结构或寻求其他解决方案，而不是单方面扣工资。员工在面对公司扣工资行为时，也应积极维护自己的合法权益，通过合法途径来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。