公司扣除年休假是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司扣除年休假符合法定情形，则合法

   • 根据《职工带薪年休假条例》第四条，职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：
     • 职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的；
     • 职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的；
     • 累计工作满1年不满10年的职工，请病假累计2个月以上的；
     • 累计工作满10年不满20年的职工，请病假累计3个月以上的；
     • 累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。
   • 举例：如果一名员工累计工作已满1年不满10年，且该年度内请病假累计超过了2个月，那么公司扣除其当年的年休假是合法的。

2. 若公司扣除年休假不符合法定情形，则不合法

   • 如果员工并不符合上述不享受年休假的任何一种情形，而公司却无故扣除了其年休假，那么公司的行为就是违法的。
   • 法律后果：根据《职工带薪年休假条例》第七条，单位不安排职工休年休假又不依照本条例规定给予年休假工资报酬的，由县级以上地方人民政府人事部门或者劳动保障部门依据职权责令限期改正；对逾期不改正的，除责令该单位支付年休假工资报酬外，单位还应当按照年休假工资报酬的数额向职工加付赔偿金；对拒不支付年休假工资报酬、赔偿金的，属于公务员和参照公务员法管理的人员所在单位的，对直接负责的主管人员以及其他直接责任人员依法给予处分；属于其他单位的，由劳动保障部门、人事部门或者职工申请人民法院强制执行。

建议：

• 如果员工认为公司扣除其年休假不合法，可以先与公司进行协商，要求公司给予合理的解释和补偿。
• 如果协商无果，员工可以向当地的劳动保障部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 年休假是员工的合法权益，公司应当依法保障员工享受年休假的权利。
• 员工在享受年休假时，也应当遵守公司的规章制度，合理安排休假时间，避免给公司造成不必要的损失。

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