公司年假休了公司扣钱是否合法，需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
合法扣减年假工资的情况
员工因自身原因导致无法享受完整年假：
- 若员工因个人原因（如主动申请缩短年假天数）导致年假未休满，且公司有明确的年假管理制度，并已向员工公示，此时公司根据制度扣减相应年假天数（不涉及直接扣钱，但可能影响未休年假的补偿计算）是合理的。不过，若员工已休完年假，公司再因其他非法定原因扣钱，则不合法。
- 特殊情况：若员工因病假累积达到一定期限（如累计工作年限不足10年的员工，病假累积达2个月以上），根据《职工带薪年休假条例》第四条，企业可无需安排其年假，但这并不直接涉及扣钱问题，而是年假的安排问题。
公司因生产、工作需要并经员工同意不安排年假：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，若因生产、工作需要，公司不安排员工休年假，应经员工本人同意，并按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（包含正常工作期间的工资收入）。这种情况下，公司不是扣钱，而是支付额外的报酬。若公司未支付而直接扣钱，则构成违法。
员工违反公司规章制度或劳动合同约定：
- 若员工因严重违反公司规章制度或劳动合同约定（如旷工、严重失职等），公司根据合法有效且已公示的规章制度或劳动合同约定，对员工进行扣款（非直接扣年假工资，而是因违规行为导致的经济处罚），且该处罚与年假无关，则可能是合法的。但若公司以扣年假工资作为对员工违规行为的处罚，则通常不合法，因为年假工资是员工应享的合法权益。
违法扣减年假工资的情况
无正当理由随意扣除年假工资：
- 年假是员工依法享有的福利，公司若无合理原因（如员工严重违反规章制度且处罚与年假无关）而随意扣减年假工资，则侵害了员工的合法权益，构成违法。
未按规定安排补休或支付未休年假补偿：
- 当员工因工作需要无法在正常年度内休完年假时，公司应要么安排补休，要么按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。若公司既不安排补休也不支付相应报酬而直接扣减年假工资（或以其他名义扣钱），则属于违法行为。
公司规章制度或劳动合同约定违法：
- 若公司的规章制度或劳动合同中存在违法条款，如规定“员工休年假需扣减部分工资”等，则这些条款无效。公司依据这些违法条款扣减年假工资，同样构成违法。
员工如何维护自身权益
- 沟通协商：首先与公司进行沟通，了解扣年假工资的具体原因，并要求公司说明依据并纠正错误做法。
- 保存证据：妥善保存相关证据，如公司通知、工作记录、工资单等，以备后续维权使用。
- 投诉或仲裁：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，公司扣年假工资的合法性需根据具体情况来判断。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。