公司扣除年假是否合法，需结合具体情况判断。在符合法律法规的前提下，特定情形下的扣减可能是合法的；但若无正当理由或违反相关规定，则构成违法。以下从合法与违法两种情况为您详细分析：
合法扣减年假的情况
因生产、工作需要并经员工同意：
- 根据《职工带薪年休假条例》第五条，若因生产、工作需要，公司不安排或少安排员工的年休假，应经员工本人同意，并按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（包含正常工作期间的工资收入）。例如，公司因业务繁忙，无法安排员工在当年休完年假，经与员工协商并取得同意后，可以安排员工在次年休完，或者按照上述标准支付工资报酬。
员工病假累积达到一定期限：
- 累计工作年限不足10年的员工，病假累积达2个月以上；
- 累计工作年限超过10年但不足20年的员工，病假累积达3个月以上；
- 累计工作年限超过20年的员工，病假累积达4个月以上。
- 在这些情况下，企业可无需安排其年假。比如，一位累计工作年限为8年的员工，当年因病请假累计达到3个月，那么公司可以不再安排其休年假。
员工请假超出可支配年假范围：
- 员工在已休完法定年假后，又申请额外假期并被认定为占用年假额度，且公司有明确的年假管理规定并已向员工公示说明，此时扣除相应年假天数通常是合理的。例如，公司规定员工每年有10天年假，员工已休完10天后，又申请了5天假期，且这5天被认定为占用下一年度的年假额度，那么公司可以在下一年度扣除这5天年假。
因员工重大过错导致公司损失：
- 如果员工因故意或重大过失给公司造成重大经济损失等严重后果，公司根据合法有效且已公示的规章制度，适当扣减年假作为惩戒措施，在司法实践中可能被认为是合法的。但需注意，扣减年假应作为惩戒措施之一，且应合理、适度，不能过度侵犯员工的合法权益。
违法扣减年假的情况
无正当理由随意扣除：
- 年假是员工依法享有的福利，公司若无合理原因（如员工严重违反规章制度）而随意扣减年假天数，则侵害了员工的合法权益，构成违法。例如，公司未经与员工协商，也未说明任何理由，就擅自扣减了员工的年假天数，这是违法的。
未按规定安排补休或支付补偿：
- 当员工因工作需要无法在正常年度内休完年假时，公司应要么安排补休，要么按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。若公司既不安排补休也不支付相应报酬而直接扣减年假，则属于违法行为。比如，员工因工作繁忙无法在当年休完年假，公司既未安排补休，也未支付工资报酬，而是直接扣减了年假天数，这是违法的。
主动扣年休假工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十五条及《职工带薪年休假条例》第二条，劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假，且年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。公司主动扣减年休假工资是违法的。例如，公司在员工休年假期间，只支付了部分工资或未支付工资，这是违法的。
员工如何维护自身权益
- 沟通协商：首先与公司进行沟通，了解扣年假或扣工资的具体原因，并要求公司说明依据并纠正错误做法。
- 保存证据：妥善保存相关证据，如公司通知、工作记录、工资单等，以备后续维权使用。
- 投诉或仲裁：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，公司扣年假的合法性需根据具体情况来判断。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身权益。如果您对公司扣除年假的行为有疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。