结论：公司签合同中基本工资与实际工资不一致是否合法，需分情况讨论。一般来说，只要合同中的基本工资不低于当地最低工资标准，且实际发放的工资不低于合同约定及法律规定，这种差异可能是合法的；但如果公司通过这种方式逃避法律责任或损害劳动者权益，则可能不合法。
详细分析：
合法情况：
- 基本工资与最低工资标准：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者的基本工资不得低于当地最低工资标准。如果合同中约定的基本工资不低于这一标准，且公司实际发放的工资（包括基本工资、奖金、津贴等）高于或等于合同约定的总额，那么这种差异通常是合法的。
- 工资结构多样性：许多公司采用基本工资+绩效工资+奖金等多元化的工资结构。在这种情况下，合同中可能只明确基本工资，而实际工资则根据员工的工作表现、公司业绩等因素有所变动。只要这种变动是合理且透明的，且符合公司规章制度和劳动合同的约定，就是合法的。
不合法情况：
- 逃避法律责任：如果公司故意将基本工资设定得很低，而将大部分工资以奖金、津贴等形式发放，以此逃避支付加班费、社会保险费等法律责任，那么这种做法是不合法的。因为根据法律规定，加班费、社会保险费等通常是以基本工资为基数计算的。
- 损害劳动者权益：如果公司通过降低基本工资来减少对劳动者的经济保障，或者在实际发放工资时无故克扣、拖欠，那么这种行为也是违法的。劳动者有权要求公司按照合同约定和法律规定支付工资。
法律建议：
- 审查合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中的工资条款，确保基本工资不低于当地最低工资标准，并了解实际工资的构成和发放方式。
- 保留证据：劳动者应保留好与工资相关的所有证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
- 及时维权：如果劳动者发现公司存在违法支付工资的行为，应及时向公司提出异议，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
可能后果：
- 如果公司违法支付工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 劳动者有权要求公司补发工资、支付经济补偿金等，并可以通过法律途径维护自己的权益。
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