实发工资高于劳动合同上约定的基本工资，在大多数情况下是合法且合理的。以下从不同角度对此问题进行分析：
合法性分析
不违反法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，劳动合同中约定的工资是双方协商一致的结果，但并不意味着实际支付工资不能高于这一约定。法律允许并鼓励用人单位根据员工的工作表现、市场情况或经营状况给予更高的报酬，只要确保不低于当地最低工资标准，并且按时足额支付。
常见合法情形：
- 绩效奖金与提成：员工因工作表现出色或达到特定绩效目标而获得额外奖金或提成，这是企业常见的激励方式，完全合法。例如，销售岗位的员工可能因超额完成销售任务而获得高额提成，导致实发工资高于合同约定的基本工资。
- 加班工资：按照《劳动法》规定，员工加班应获得相应的加班工资。如果员工在合同约定的工作时间外加班，且用人单位按照法律规定支付了加班工资，那么实发工资自然会高于合同约定的基本工资。
- 福利与奖励：用人单位为激励员工而设置的年度奖金、优秀员工奖励、交通补贴、餐补等福利，同样属于合法收入，会增加员工的实际工资。
合理性分析
企业激励措施：
- 为了吸引和留住优秀人才，企业可能会采取各种激励手段，如提供高于市场平均水平的薪资、绩效奖金、年终奖金等。这些措施旨在激发员工的工作积极性和创造力，提高企业的整体竞争力。
市场调整与竞争：
- 随着市场环境和行业竞争的变化，企业可能需要调整薪资水平以保持竞争力。如果合同约定的基本工资低于市场水平，企业可能会通过提高实发工资来吸引和留住人才。
风险与注意事项
税务与社保缴纳基数：
- 实发工资高于合同约定可能涉及税务和社保缴纳基数的问题。员工应关注并及时与用人单位沟通，确保税务和社保缴纳基数的准确性，避免因此产生不必要的法律风险。
合同变更与补充协议：
- 如果用人单位需要长期支付高于合同约定的工资，建议及时签订补充协议或变更劳动合同，明确工资数额、计算方式及可能的变动情况。这有助于减少后续纠纷，保障双方的合法权益。
透明沟通与员工信任：
- 用人单位应保持与员工的良好沟通，对于工资构成、发放依据等保持透明度。这有助于增强员工的信任感和归属感，提高员工的工作积极性和满意度。
建议与措施
明确约定与及时变更：
- 在签订劳动合同时，双方应就工资数额、计算方式及可能的变动情况作出明确约定。如需调整工资，应及时签订补充协议或变更劳动合同，确保双方权益得到法律保障。
保留相关证据与沟通记录：
- 员工应妥善保留与工资相关的证明材料，如加班记录、绩效考核结果、福利发放通知等。同时，保持与用人单位的良好沟通，及时解决可能出现的工资问题。
关注税务与社保政策变化：
- 员工应关注税务和社保政策的变化，确保自己的纳税和社保缴纳情况符合法律法规要求。如有疑问或需要帮助，可及时向用人单位或相关部门咨询。
综上所述，实发工资高于劳动合同上约定的基本工资在合法合规的前提下是完全合理的。然而，双方都应关注潜在的风险和法律问题，确保通过明确的约定和及时的沟通来维护各自的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。