实发工资高于合同工资后再按合同工资发放，这一行为是否合法需结合具体情况判断。

一、核心结论

1. 若存在合理依据或事先约定：在劳动合同履行过程中，如果用人单位与劳动者之间存在关于工资调整的合理依据或事先约定（如绩效奖金、临时补贴等非固定工资组成部分的调整，或特定情形下的经营调整等），并且这种调整经过了双方协商一致，那么实发工资高于合同工资后再按合同工资发放是合法的。

2. 若无合理依据且未协商一致：如果用人单位无正当理由单方面将实际发放工资降至合同约定标准以下，且未与劳动者协商一致，那么这种行为则可能构成对劳动合同的违约，从而是违法的。劳动者有权要求补足差额部分，或通过劳动仲裁、诉讼等途径主张权利。

二、法律分析与建议

1. 劳动合同的法律效力：劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，具有法律约束力。用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付工资，除非存在合理依据或事先约定，否则不得擅自降低。

2. 工资支付的法律规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位拖欠或未足额支付劳动报酬，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。

3. 建议与措施：

   • 明确约定：建议在签订劳动合同时，双方就工资数额、计算方式及可能的变动情况作出明确约定，以减少后续纠纷。
   • 及时沟通：如果用人单位需要调整工资标准，应当提前与劳动者进行协商，并尽可能达成书面协议。
   • 保留证据：劳动者应妥善保留与工资发放相关的证明材料，如工资条、银行流水等，以备不时之需。

三、实际情境下的合规性判断

在实际操作中，用人单位可能会因经营需要或市场变化而调整工资标准。在这种情况下，用人单位应当确保调整行为符合法律法规的要求，并尽可能与劳动者协商一致。如果调整行为引发争议，用人单位应当积极与劳动者沟通解决，避免引发不必要的法律纠纷。

综上所述，实发工资高于合同工资后再按合同工资发放是否合法，取决于用人单位是否有合理依据或事先约定，并且是否经过了与劳动者的协商一致。如果用人单位存在违约行为，劳动者可以依法维护自己的合法权益。