实发工资高于劳动合同约定基本工资是合理且合法的，以下是对这一问题的详细分析：

合法合规性

1. 不违反法律规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位实际支付给劳动者的工资高于劳动合同约定的标准，并不违反法律。只要确保工资支付不低于当地最低工资标准，并且按时足额支付，就是合法的。

2. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》第十七条规定，劳动合同应当明确劳动报酬等内容，但并未限制实际工资不能高于合同约定。
   • 《中华人民共和国劳动法》第四十四条还规定了加班工资的支付标准，为高于正常工作时间的工资报酬，这也是实发工资可能高于合同约定的重要原因之一。

常见合法情形

实发工资高于合同约定的情况在实践中很常见，且通常基于以下合法原因：

1. 绩效奖金与提成：劳动者因工作表现出色或达到绩效目标而获得额外奖金或提成，这是企业激励员工的一种常见方式。

2. 加班工资：劳动者在法定工作时间外加班，按照法律规定应获得相应的加班工资。

3. 福利与奖励：用人单位为增强员工归属感而设置的年度奖金、优秀员工奖励、节日福利等，这些都属于合法收入。

4. 工资调整未及时变更合同：虽然劳动合同未及时更新，但用人单位已按新标准支付工资，只要及时补办变更手续，亦属合法。

注意事项与建议

1. 明确收入来源：劳动者应清楚了解实发工资高于合同约定的具体原因和构成，确保各项收入的合法性和合规性。

2. 保留相关证据：对于奖金、加班工资、福利补贴等额外收入，劳动者应妥善保留相关的证明材料，如加班记录、绩效考核结果、福利发放通知等。

3. 关注税务问题：实发工资的增加可能会影响个人所得税的缴纳。劳动者需要了解自己的纳税情况，确保依法履行纳税义务。

4. 及时沟通：如果实发工资高于合同约定是因为用人单位的操作失误，劳动者应与单位及时沟通，明确多发原因，并协商返还方式和时间。

5. 签订补充协议：如需调整工资，建议双方及时签订补充协议或变更劳动合同，以确保双方权益得到法律保障。

综上所述，实发工资高于劳动合同约定基本工资在合法合规的前提下是完全合理的，并且是企业激励员工的有效手段。劳动者在遇到这种情况时，应了解收入来源的合法性，保留相关证据，并关注税务问题，确保自己的权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。