劳动合同约定工资低于实发工资，只要不低于当地最低工资标准且双方有实际履行的合意，本身并不直接违法。但这种情况可能带来一定的法律风险和实际影响，因此我建议劳动者和用人单位都应采取相应措施来确保自身权益。

一、合法性分析

1. 法律依据：根据《劳动合同法》的规定，劳动合同中约定的工资只要不低于当地最低工资标准，且未违反合同中的其他条款，即为合法。实际工资高于合同约定，可能包含绩效工资、奖金等变动收入部分，这并不违反法律规定。

2. 实践考虑：用人单位可能出于降低税费、社保成本等考虑，在劳动合同中约定较低的工资数额。然而，这种做法可能影响经济补偿金、赔偿金等法定支付项目的计算标准，因此需谨慎处理。

二、风险与影响

• 对劳动者：

  • 可能导致加班工资、年假工资等按合同低工资标准计算，造成损失。
  • 在劳动纠纷中，经济补偿金、赔偿金等可能按合同约定的低工资标准计算，降低应得金额。

• 对用人单位：

  • 若未按实际工资支付或提供相应劳动条件，可能面临劳动者解除劳动合同并要求经济补偿的风险。
  • 可能受到劳动行政部门的责令支付和加付赔偿金的处罚。

三、应对措施与建议

1. 明确约定：我建议劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定实际工资数额，或签订补充协议进行说明，以避免后续争议。

2. 保留证据：劳动者应妥善保存能证明实际工资水平的证据，如银行工资流水明细、工资条、奖金发放记录等。

3. 合规操作：用人单位应遵守法律法规，按时足额支付劳动报酬，并根据实际工资缴纳社保等费用，避免因违法行为引发法律纠纷和经济损失。

4. 及时沟通：在出现工资支付问题或争议时，双方应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。

四、相关法律法规

• 《劳动合同法》：相关条款规定了用人单位应及时足额支付劳动报酬的义务，以及劳动者在特定情况下的解除劳动合同和请求经济补偿的权利。
• 《劳动法》：明确了最低工资保障制度，以及用人单位支付工资不得低于当地最低工资标准的要求。

综上所述，虽然劳动合同约定工资低于实发工资本身不直接违法，但双方应谨慎处理这种情况，明确约定并确保实际履行符合法律法规，以维护各自的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。